Учебный сайт Лозинского Ярослава

Работа с PSI-BLAST

Выбор последовательности

С помощью Python было случайным образом выбрано число 1, соответствующее последовательности с accession number (AC) Q47404. Согласно записи базы данных UniProt, последовательность предположительно соответствует белку гликозил трансферазы E. coli.

Итерация 1

Из 37 найденных в результате первой итерации последовательностей для второй итерации было выбрано 23 последовательности со значением E-value выше (в абсолютном значении ниже) 10^-42. Данное решение было мотивировано тем, что длины последовательностей с меньшей величиной E-value могли значительно отличаться от длины данной последовательности. Результаты всех итераций представлены в таблице 1. В матрицу PSSM на данном этапе также не была включена последовательность с идентификатором YP_008599115.1, так как её длина отличается от длины данной более чем в два раза.

Итерация 2

В результате второй итерации была найдена новая последовательность с идентификатором WP_008763331.1 и с наименьшим значением E-value среди находок выше порога. Однако, три последовательности, которые на предыдущем этапе имели значение E-value порядка 10^-37 и, соответственно, не были включены в матрицу PSSM, теперь занимают промежуточное положение между выбранными для предыдущей итерации последовательностями.

Это факт может свидетельствовать о том, что последовательности с длиной, варьирующей в широких пределах, имели более весомое локальное выравнивание, чем последовательности приблизительно той же длины, но с менее весомым локальным выравниванием. Включение в матрицу PSSM только тех находок, которые имели ту же длину, что и данная последовательность, но со значением E-value выше (в абсолютном значении ниже), чем 10^-42, возможно, позволило выявить при следующей итерации далёких гомологов изначальной последовательности.

Итерация 3

Количество находок после третьей итерации не изменилось. Проект с выравниванием можно найти на рис. 1 или скачать по следующей ссылке:aligment.jar.