Учебный сайт Лозинского Ярослава

База данных Uniprot. Поиск по аннотации

Поиск компанентов АТФ-синтазы бактерии Bifidobacterium adolescentis штамм ATCC 15703

Были найдены белки-компоненты АТФ-синтазы бактерии Bifidobacterium adolescentis штамм ATCC 15703. Удалось найти 8 компонентов АТФ-синтазы. Из них в Uniprot/Swissprot вошло 6 белков. Существование семи белков оценивается как “Inferred from homology”, одного (белок гена atpC) как “predicted”. Существует 5 категорий предсказания существование белков. “Inferred from homology”и “predicted” относятся, соответственно к 4 и 5 категориям (с критериями можно ознакомиться по следующей ссылке , что демонстрирует малый уровень изученности этих белков. Таблица, содержащая информацию о найденных белках: uniprot_table1.xlsx. Последовательности найденных белков в формате fasta: uniprot_fasta.fasta. Результат последнего запроса можно увидеть на рис.1.

Найденные белки уже были описаны в материалах этого и прошлого семестра, где было показано, что они ко-локализованы, то есть находятся в пределах определённого участка хромосомы. Все восемь генов локализованы в локусе BAD и занимают позиции с 1427 по 1433 включительно.

Поиск компонентов АТФ-синтазы для бактерии Bifidobacterium angulatum штамм DSM 20098 (JCM 7096)

Аналогичный поиск был проведён для бактерии из того же рода Bifidobacterium angulatum DSM 20098(JCM 7096). Было найдено 8 компонентов АТФ-синтаз. Все белки относятся к UniProtKB/TrEMBL. Существование всех белков оценивается как “Inferred from homology”. Результат последнего запроса можно увидеть на рис.2.

Таблица с информацией о найденных белках: uniprot_table2.xlsx. Последовательности найденных белков в формате fasta: uniprot_fasta2.fasta.

С историей поисковых запросов можно ознакомится в таблице 1.

Поиск гомологов белка atpA у дргуих организмов

Поиск гомологов был осуществлён с помощью сервиса Blast в Uniprot. Параметры поиска: Database – UniProtKb, Threshold – 10, Matrix – Auto, Filtering – None, Gapped – yes, Hits – 250. Были выбраны 10 белков с процентом схожести не менее 80% представителей и разных таксонов (приоритетным считалось отличие, по крайней мере, вида). Таблица с информацией о белках: uniprot_table3.xlsx. Некоторые результаты поиска представлены на рис.3. Последовательности гомологов в формате fasta: uniprot_fasta_homologs.fasta

Сводная таблица протеома бактерии Bifidobacterium adolescentis штамм ATCC 15703

Был введён запрос organism:"Bifidobacterium adolescentis" AND organism:" ATCC 15703". Сводная таблица протеома бактерии: uniprot_table_genome.xlsx. Всего было найдено 1630 записей. Полученные результаты поиска приведены в таблице 2.

Можно сделать вывод, что бактерия изучена мало. Например, для E.coli штамм O157:H7 было найдено 75 записей в SwissProt и 46 записей в TrEMBL, для которых доказано существование белка (“evidence at protein level”).

Количечество белков, отличающихся по последовательностям от белков общего предка на 50% и 90%

В геноме бактерии Bifidobacterium adolescentis штамм ATCC 15703 1 616 белков сходных по аминокислотным последовательностям на 50% и 1 629 белков сходных на 90% с белками представителей родственных таксонов. Это иллюстрирует степень приобретённой изменчивости по сравнению с неким общим предком.