| Главная |
Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности Данный 300-нуклеотидный фрагмент, принадлежащий геному бактерии Buchnera aphidicola str. Sg (находка соответствует записи NC_004061). Для поиска была использована программа megablast. В качестве банка был выбран "refseq_genomic". Поиск был ограничен бактериями и археями. В разделе Filters and Masking был отменён выбор параметра Low complexity regions. Всего было найдено 10 последовательностей, одна из них полностью совпала с заданной. По результатам поиска исходный фрагмент является частью кодирующей последовательности белка GidA бактерии Buchnera aphidicola str. Sg Поиск гомолога белка человека в слоне Был выбран белок человека с идентификатором Swiss-Prot LOX5_HUMAN. Для получения списка белков, начинающихся на первые две буквы моей фамилии, была использована следующая команда: infoseq sw:lo*_human -only -name -desc -out file_name.txt Для получения последовательности белка (выбран белок с идентификатором LOX5_HUMAN) была использована команда: seqret sw:LOX5_HUMAN-auto Для того, что бы искать полную последовательность гена белка, а не отдельные экзоны, на сайте ENA был выбран чекбокс "spliced translated nucleotide search" . Поиск гомологов белка человека производился среди нуклеотидных последовательностей африканского слона. В результате из 11 найденных последовательностей была выбрана находка со значение E-value 0, длиной выравнивания 624, identity 92% . Координаты гена в геноме слона 65143446->65210892. Число интронов 12 Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST Для анализа была взята последовательность тРНК лизина, которая была получена из файла с расширением .fnr на ftp-сервере NCBI (координаты в геноме 1861607-1861680). Был проведён поиск гомологичных последовательностей у представителей того же порядка (order) Bifidobacteriales c момощью megablast и blastn. Megablst (параметры по умолчанию): 104 находки, все находки имееют значение e-value меньше 0.001 blastn (параметры по умолчанию): 441 находок, 221 имеют значение e-value меньше 0.001 blastn (максимальная длина слов 7, счёт за матчи и мисматчи 1/-1): 725 находок, 413 имеют значение e-value меньше 0.001 При выборе более чувствительных параметров поиска для blastn, было найдено больше "лишних" находок со значением e-value больше 0.001, но в то же время было найдено в два раза больше находок со значением e-value меньше 0.001. Причём самые "плохие" из "хороших" находок для обоих случаев использования blastn имеют сходные значения e-value (порядка 10^-4) и total score. Это говорит о том, что увеличение числа находок со значением e-value меньше 0.001 осуществляется не за счёт увеличения числа находок в крайнем диапазоне значений e-value (0.0001-0.001). Можно предположить, что blastn с максимально чувствительными параметрами, может помочь найти больше гомологичных последовательностей, если задавать определённый порог значений e-value. |
| Обо мне | |
| Семестры | |
| Ссылки | |