| Главная |
Картирование на референсный геном Геномы хлоропласта и митохондрии резуховидкии были объединены в один файл. С помощью программы BWA на геномы хлоропласта и митохондрии были откартированы очищенные чтения из предыдущего практикуму. Файл был проиндексирован с помощью команды: bwa index chl_mt.fasta Итоговая команда выглядит следующим образом: bwa mem chl_mt.fasta out2.fastq > bwa1.sam Был использован алгоритм BWA_MEM, так как большинство ридов имеют длину больше 70 нуклеотидов. С помощью программы samtools было выяснено, сколько чтений откартировалось на каждую органеллу. Были проделаны следующие команды: samtools view -b -S -h bwa1.sam > bwa1.bam(изменён формат файла) samtools sort bwa1.bam sorted1(сортировка информации об откартированных ридах) samtools index sorted1.bam(индексация) samtools idxstats sorted1.bam(интересующая нас статистическая информация) Была получена следующая информация: ENA|AP000423|AP000423.1 154478 674576 0 ENA|Y08501|Y08501.2 366924 74976 0 * 0 0 3139793 Как видно из данных, приведённых выше, большая часть ридов откартировалась на геном хлоропласта (AP000424). Для вычисления покрытия каждого нуклеотида была использована программа samtools depth. Была введена следующая команда: samtools depth sorted1.bam > inf1.txt Файл inf1.txt содержит информацию о количестве ридов, покрывающих каждый нуклеотид последовательностей. Среднее покрытие для нуклеотидов хлоропластов составляет 435 ридов, для митохондрий – 20 ридов (посчитано с помощью Excel). |
| Обо мне | |
| Семестры | |
| Ссылки | |