Учебный сайт Лозинского Ярослава

Поиск однонуклеотидных полиморфизмов и инделей

Для анализа был использован файл с чтениями, картированными на геном митохондрии и хлоропласта резуховидки.

Был создан файл в формате .bcf:

samtools mpileup -u -g -f chl_mt.fasta sorted1.bam > find_indels.bcf 

Была найдена информация о полиморфизмах и инделях:

bcftools view -v -c -g find_indels.bcf > find_indels.vcf

Путём переноса таблицы в Excel и подсчёта числа строк, содержащих DP и INDEL соответственно, было найдено 375 полиморфизмов (DP) и 292 иделей (INDEL). Файл со списком.

Сборка хлоропласта и митохондрии

Был создан банк k-меров:

velveth velveth_dir3 23 -fastq out2.fastq 

Для k=23 N50 составило 241

Сборка по банку k-меров:

velvetg velveth_dir3 -cov_cutoff auto 

С помощью grep и дальнейшей сортировки в Excel было выбрано 10 самых длинных контигов. Принадлежность контигов была проверена с помощью BLAST online. См. таблицу 1.