Ферменты. База KEGG. Работа с KEGG ORTHOLOGY
Для работы была выбрана реакция 1.2.99.8 пентозофосфатного метаболического пути. Схема метаболического пути представлена на рис. 1.
.png)
Реакцию 1.2.99.8 катализируют три ортологических ряда белков, соответствующие трём субъединицам фермента глицероальдегид дегидрогеназы: K18020 (19 белков, большая субъединица), K18021 (18 белков, средняя субъединица) иa K18022 (17 белков, малая субединица).
Последовательности белков в формате fasta были скачаны с UniProt и выровнены с помощью сервиса Muscle. Проект с выравниванием можно скачать по следующей ссылке. Полученное вырвнивание указывает на то, что ращличные ортологичные ряды не гомологичны друг другу, следовательно, построение филогенетического дерева смысла не имеет.