Учебный сайт Лозинского Ярослава

Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam

Для выполнения задания была взята структура 1QPZ (комплекс пуринового репрессора с ДНК). Ниже представлены результаты поиска доменов в составе данного белка в различных базах данных.

Домены, найденные SCOPE:

• Purine repressor (PurR), N-terminal domain, координаты - 2-58,
• Purine repressor (PurR), C-terminal domain, координаты - 59-340.

Домены, найденные Pfam:

• Bacterial regulatory proteins, lacI family, координаты - 3-48,
• Periplasmic binding protein-like domain, координаты - 171-331.

Домены, найденные CATH:

• lambda repressor-like DNA-binding domains.

Домены, найденные ECOD:

• LacI,
• EUF05661,
• EUF05654.

Сравнивая результаты выдачи, можно сказать, что, в целом, были найдены похожие домены. Все они либо связаны с регуляцией, либо со связыванием с ДНК, либо представляют из себя единый функциоанальный домен, как в случае CATH.