Совмещение структур
C помощью PDBeFold был произведён поиск структурных гомологов цепи А белка 1s4I с параметрами по умолчанию. В результате было выбрано 5 гомологов c RMSD от 1.21 до 1.39 Å и длиной выравнивания больше 80%: 2Q2I:B, 1SDY:B, 1XSO:B, 3CE1:A, 4MCM:J.
Совмещение структур изображено на рис. 1.
Также с помощью сервиса PDBeFold было построено множественное выравнивание найденных последовательностей на основании их структурного выравнивания (рис. 2).
Выравнивание последовательностей белка 1S4I было также построено с помощью MUSCLE (рис. 3).
Выравнивания в целом похожи, но различаются длиной и положением гэпов. Один из участков отличия изображён на рис. 4. Справа на рис. 4 изображён фрагмент выравнивания гомологов с помощью MUSCLE. Видно, что остаток глутаминовой кислоты последовательности белка 1S4I не выравнивается с остатками других последовательностей. На выравнивании последовательностей по структурному выравниванию (рис. 4, справа) видно, что остаток аспарагиновой кислоты последовательности белка 1S4I не выравнивается c остальными последовательностями.
На рис. 5 видно, что остаток глутаминовой кислоты выравнивается с остальными гораздо лучше, чем остаток аспарагиновой кислоты, который далеко отстоит от остова Cα-атомов. Исходя из этого можно предположить, что выравнивание по структурам является более точным.
