Гидрофобные кластеры в структуре белка
С помощью Clud были найдены гидрофобные кластеры в цепи A структуры 1S$I. Порог расстояния был взят равным 4.5 A. Выдача программы: 1s4i.txt, 1s4i.rsc. Два самых больших кластера изображены на рис. 1. Желтый кластер находится внутри β-бочки, красный – в петлях.
Белок 1S4I существует в растворе в форме нефункционирующего мономера. При кристаллизации он может образовывать димеры при участии ионов цинка подобно тому, как это делают другие представители полноценных СОД-дисмутаз в растворе. На интерфейсе между двумя молекулами белка (цепи А и D) был найден большой гидрофобный кластер (рис. 2), который, возможно, способствовал димеризации мономеров фермента до того, как они утратили способность к димеризации [1].
1. Banci L. et al. A prokaryotic superoxide dismutase paralog lacking two Cu ligands: from largely unstructured in solution to ordered in the crystal //Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. – 2005. – Т. 102. – №. 21. – С. 7541-7546.