Восстановление кристаллической ячейки
Была рассмотрена структура белка 1S4I, выбарнного ранее.
В поле CRYST1 pdb-файла можно найти следующую информацию:
CRYST1 38.225 61.108 64.915 84.35 76.02 90.42 P 1 4
Длины направляющих векторов кристалла: a=38.26Å, b=61.11Å, c=64.92Å
Углы между направляющими векторами кристалла:α=84.35°,β=76.02°, γ=90.42°
Содержимое кристаллической ячейки изображено на рис. 1. Она же является и ассиметрической ячейкой. Как и сказано в PDB-файле, она содержит 4 молекулы. При этом пвторы структуры относят к биологической единице одну молекулу белка.
Для восстановления содержимого соседних ячеек (рис. 2) использовал команду:
symexp sym, 1s4i, all, 3
Для восстановления связей одного из белков кристаллической ячейки с соседними белками использовал скрипт, который находит водородные связи на расстоянии 3.2Å. Белки, взаимодействуиющие с выбранным белком, представлены на рис. 3.
На мой взгляд, с биологической точки зрения важными являются лишь взаимодействия, изображённые на рис. 4. В этих взаимодействиях принимает участие ион цинка, который координирует остатки аспарагиновой кислоты и гистидина обоих молекул. Изучаемый белок функционирует в растворе в форме мономера. Возможно, белок 1S4I устратил способность к димеризации в нативных условиях, но в процессе кристаллизации димеризация становится выгодной.
Остальные взаимодействия выбранного белка с соседними ограничиваются одной водородной связью (рис. 5, рис. 6, рис.7, рис.8 и рис.9), которые, по-видимому, играют роль в стабилизации кристаллической структуры.
Странное расположение белковой цепи в структуре ДНК-белкового комплекса 3hdd
Для работы была выбрана структура 3hdd, содержащая комплекс гомеодомена D. melanogaster с ДНК. В этой структуре одна из молекул белка находится на краю молекулы ДНК
Если восстановить содержимое соседней ячейки, то видно, что концевые нуклеотиды соседних цепей ДНК образуют пару (рис. 11). Из этого следует, что молекула белка расположена не на краю цепи ДНК, а в середине. При этом взаимодействия ничем не отличаются от взаимодействий белка, расположенного посредине ДНК.
