Отображение электронной плотности
Выбор белка
Используемый ранее белок из Bifidobacterium adolescentis штамм ATCC 15703 (PDB-код 3LUY) для выполнения задачи не подошёл, так как для него с помощью PDBeFOLD было найдено всего три гомолога. Поэтому для анализа электронной плотности был выбран супероксид-дисимутаза-подобный белок из Bacilus subtilis , PDB-код 1S4I. Параметры эксперимента:
- Разрешения: 1.8 Å
- R-Value Free: 0.258
- R-Value Work: 0.221
- Space Group: P 1 (кристаллографическая группа)
R-Value Work - параметр, который показывает, насколько хорошо предсказанная кристаллографическая модель согласуется с экспериментальными данными ренгеноструктурного анализа. R-Value Free - та же величина, но посчитанная для случайно выбранных 10 % атомов.
С помощью PDBeFOLD было найдено приблизительно 450 структурных гомологов с RMSD в пределах 0.8-3.0 и Nalign 83-130 (всего белок содержит 151 аминокислоту).
Изображение электронной плотности полипептидной цепи
Для изображения электронной плотности цепи А белка 1S4I использовались следующие команды:
isomesh new_map, map, 1, chain A and (name ca+c+n+o) and !het, carve=2 isomesh new_map, map, 0.5, chain A and (name ca+c+n+o) and !het, carve=2Были использованы два уровня подрезки: 1 (рис. 1) и 0.5 (рис. 2).
Для визуализации электронной плотности уровень подрезки σ=1 является наиболее полходящим.
Изображение электронной плотности вокруг аминокислотных остатков
Для визуализации электронной плотности аминокислотных остатков был выбран фрагмент Phe57-Ile58-Glu59. Использовались два уровня подрезки электронной плотности: σ=1 (рис. 3) и σ=1.5 (рис.4). Как видно на рис. 3 и 4, электронная плотность хорошо описывает структуру остатков.
Вывод: модель электронной плотности хорошо описывает структуру белка 1S4I.