Определение вторичной структуры
Для предсказания вторичной структуры белка 1W8L были использованы программы DSSP и Stride. Результаты работы программ можно скачать по следующим ссылка: DSSP, Stride
Для запуска программ использовали следующие команды.
Для DSSP:
mkdssp -i 1w8l.pdb -o 1w8l.dssp
Для Stride:
stride 1w8l.pdb -f1w8l.stride -h
Результаты работы программ представлены в таблице 1
Как видно из таблицы 1, программы дают довольно точное предсказание элементов вторичной структуры. В данном случае DSSP дал более точные результаты. Предсказания Stride в случае 5 доменов дали несколько отличающиеся от представленных в PDB номера граничных остатков, а в одном случае предсказали структуру, которая в PDB не обозначена.