Построение поверхностей
Для анализа был выбран белок взят комплекс пуринового репрессора 1QPZ с ДНК. Димер и цепь ДНК изображены в двух проекциях на рис. 1 и рис. 2.
Поверхность контакта мономера с мономером
Для выделения поверхности контакта мономера белка с соседним мономером были использована команда:
create prot1, chain A create prot2, chain B select p1p2_surf, prot1 w. 5 of prot2
Аминокислотные остатки одного мономера находятся на расстоянии не более 5 Å от аминокислотных остатков другого. Изображение зоны контакта дано на рис. 3.
Поверхность контакта димера с ДНК
Была выделена поверхность контакта димера с двойной спиралью ДНК на расстоянии 5 Å от димера (рис. 4).
Поверхность контакта ДНК с димером
Была выделена поверхность контакта ДНК с димером на расстоянии 5 Å от ДНК (рис. 5).
Создание поверхности с гидрофобными кластерами
С помощью сервиса CluD с порогом расстояния 5 Å были найдены гидрофобные кластеры в том же комплексе: RasMol script. Найедные гидрофобные остатки были выделены в составе поверхности между двумя мономерами на расстоянии 5 Å (рис. 6).
