Сравниваем три программы множественного выравнивания
Выравнивания:
Проект JalView
Я воспользовался программой, написанной Кирцовой Ксенией
Программа
Выдача при сравнении ClustalWC и MafftWC:
Список одинаковых колонок
Блоки
Выдача при сравнении ClustalWC и MuscleWS:
Список одинаковых колонок
Блоки
Воспользовавшись JalView можно увидеть что программы множественного выравнивания согласны друг с другом в основном на участках высокой консервации.
Сранение выравниваний струтуры и последовательности
Выравнивания:
Проект JalView
Список одинаковых колонок
Блоки
По проекту JalView видно, что блоки совпадают с консервативными участками лишь частично, например блоки 1 и 2 хорошо связаны с консервативными участками, блок 3 содержит всего одну консервативную колонку, а блоки 4 и 5 — случайно совпавшие колонки.
Описание программы
MAFFT — программа множественного выравнивания последовательностей аминокислот, нуклеатидов.
Она может принимать на вход как один файл, содержащий все последовательности, так и набор из трёх и более файлов.
Работа MAFFT разделена на несеолько основных этапов:
1)Попарные нахождения гомологичных участков последовательностей, используя быстрое преобразование Фурье.
2)Создание матрицы расстояний между последовательностями основываясь на гомологичных участков
3)Создание дерева по матрице
4)Прогрессивное выравнивание, при котором происходят построения выравниваний листьев дерева, а на их основе строят выравнивание с предками, и так далее, пока общее выравнивание не будет построено.
5)Итеративное выравнивание, при котором корректируется положение некоторых символов в выравнивании.