Филогения чешуйчатых(3).

Меню:

Семестр_4

Строил дерево по последовательности 12s rRNA. К сожалению, многие взятые в прошлый рааз представители не имели её полностью расшифрованной. Поэтому их пришлось заменить на родственных, за исключением Loxocemus bicolor, которого пришлось поменять на Anilius scytale. Укоренение деревьева производил как и в прошлый раз при помощи аутогруппы - Zootoca vivipara

Рис.1. Дерево FastME по последовательностям 12srRNA

Далее требовалось найти аутогруппу. Она у меня уже была, но задание требовало, поэтому решено было взять Dibamus bourreti, входящий в Diabamidae - таксон, в кооторый не входит ни один представитель из моего дерева и имеющий равный ранг с Bifurcata, к которому принадлежат все другие виды.

Рис.2. Дерево FastME с аутогруппой

После добавления новой аутогруппы ничего не поменялось, а значит прошлые укоренения вполне справедливы.

Рис.3. Дерево FastME с добавлением бутстрепов.

Мы видим, что на ветвях, несчёт которых не все программы прошлого практикума сошлись, действительно стоит низкое значение достоверности. А именно: ветвь, отделяющая Bungarus fasciatus, и ветвь, отделяющая Micrurus fulvius/