Блок 1. Молекулярная филогения

1. Филогенетические деревья

9 февраля, С.А. Спирин, Е. Рюмина

[ задание ] [ презентация ]

2. Алгоритмы филогенетической реконструкции

16 февраля, С.А. Спирин, Е. Рюмина

[ задание ] [ презентация ]

3. Укоренение и бутстреп

1 марта, С.А. Спирин, Е. Рюмина

[ задание ] [ презентация ]

4. Семинар по практическим аспектам реконструкции филогении

15 марта, С.А. Спирин, Е. Рюмина

[ задание ]

5. Коллоквиум

22 марта

[ программа ]

Блок 2. Функции белков

6. Трансмембранные белки

29 марта, Д.В. Диброва, С.А. Спирин

[ задание ] [ презентация ]

7. Базы данных KEGG и GO

5 апреля, А.А. Жарикова, Ю.А. Алёшина

[ задание ] [ презентация ]

Блок 3. Сигналы и мотивы в белках

8.Сигналы в геноме. Примеры и поиск сигналов с известными последовательностями

12 апреля, А.В. Алексеевский, Р.А. Ириоглов

[ задание ] [ пояснения ] [ презентация ]

9. Поиск de novo сигналов в ДНК

19 апреля, А.В. Алексеевский, Р.А. Ириоглов

[ контрольная по Л8; откроем в 9:00 19 апр ] Правильные ответы закроют соответствующие темы коллоквиума

[ задание ] [ пояснения ] [ презентация ]

10. Мотивы в белках

26 апреля, А.В. Алексеевский, Р.А. Ириоглов

[ форма отчёта по работе в классе ]

[ задание ] [ пояснения ] [ презентация pdf ] [ выравнивание для практического задания в классе ]

11. Домены и профили

3 мая, А.В. Алексеевский, Р.А. Ириоглов

[ задание ] [ пояснения ] [ презентация pdf ]

[ Форма для сохранения результатов работы в классе ]

Коллоквиум

17 мая

[ Вопросы к коллоквиуму ] [ вопросы на wiki ]

Для зачёта блока 3 необходимо и достаточно получит зачёт

• коллоквиума

• 4х заданий:

  • Прак.8-2. Для одного из сигналов в геноме найдите последовательности представителей, постройте PWM и оцените результаты поиска по этой PWM новых сайтов

  • Прак.9-1. Найти мотив одного сигнала с помощью программы или сервиса MEME и проверить его работу с помощью программы или сервиса FIMO

  • Прак.10-3. Для данной последовательности белка составьте семейство гомологов, пользуясь PSI-BLAST

  • Прак.11. Cоздать HMM-профиль определенного вами подсемейства и проверить его работу

Выполнение других заданий привествуется и оценивается баллами

ААл