Практикум 6

Меню:

Входные данные

  • Был дан список id генов человека
  • Всего было дано 27 генов

    • Анализ обогащения терминами GO

    Он был проведён, чтобы узнать, в каких процессах принимают участие продукты данных генов.

    Параметры анализа:

  • Analysis Type: PANTHER Overrepresentation Test (Released 20240807)
  • Analyzed List: upload_1 (Homo sapiens)
  • Reference List: Homo sapiens (all genes in database)
  • Test Type: FISHER
  • Correction: FDR

    • Было получено следующее обогащение.

    Рис.1) График показывающий ассоциацию термина с данным набором генов, где pFDR=-lg(FDR).

    По графику на рис.1 видна сильная ассоциация исследуемых генов с метаболизмом липидов, в частности стеролов, и спиртов. Связь с изопренилами не случайна, ведь при синтезе холестерола промежуточным соединением евляется сквален - полиненасыщенный нециклический углеводород.

    Визуализация в String

    Рис.2) Граф в String, оболначающий взаимосвязь анализируемых генов.

    Рассмотрим рис.2. При пороге 0.9 хорошо кластеризуются все гены, кроме двух: PLPP6 и ARV1. ARV1 играет роль медиатора в регуляции гомеостаза стеролов и учавствует в их транспорте из ЭПР и в их распределении в мембране. Возможно, что он не кластеризуется из за того что синтез и транспорт стеролов слабо связаны. PLPP6 - фосфолипид фосфотаза 6, канализирует переход пресквален-пирофосфата(PSPP) в пресквален-монофосфат(PSMP), и так же работает на схожих субстратах. Не кластеризуется с остальными в силу того, что, хоть и PSPP является предшественником сквалена, PSMP им не является, а значит PSPP6 слабо связан с метаболизмом липидов.

    Выводы

    Исходя из вышесказанного, рассматриваемый набор генов статистически достоверно связан со стероидами и изопреноидами. Все, кроме двух(PLPP6 и ARV1) принимают участие в метаболических путях стероидов. Можно предположить, что исслледуемый набор генов был отобран по наличию в аннотации упоминания стироидов или изопреноидов, и так вышло, что большая часть таких генов принимает участие именно в их метаболизме.