Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1
Сгенерированные структуры А-формы, В-формы и Z-формы ДНК сохранены в файах gatc-a.pdb,gatc-b.pdb и gatc-z.pdb соответственно.
Анализ экспериментальной структуры А-формы(Задание 2)
Для анализа использовалась pdb структура 3v9d А-формы.
Геометрическое расположение оснований создают в скрученной спирали более широкий зазор (так называемую большую бороздку) и более узкий зазор (малую бороздку), которые идут вдоль всей молекулы, как показаны на Рисунке №1. Эти бороздки являются важными участками связывания с белками, поддерживающими ДНК и регулирующими активность генов.
Выбраннное азотистое основание это Тимин. Тимин, дезоксирибоза и фосфатная группа покрашены белым цветом на Рисунке №2.
Атомы тимина, направленные в сторону малой бороздки, покрашены в синий, а атомы, направленные в сторону большой бороздки, покрашены в красный цвет.
- В сторону большой бороздки обращены атомы: C4, O4, C5, C7 C6.
- В сторону малой бороздки обращены атомы: N1, C2, O2, N3.
В таблице приведен результат изучения сгенерированных структур.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 36.35 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 9 |
| Ширина большой бороздки | 16.81; C8:A.P #146 - T35:B.P #700 | 17.21; G5:A.P #83 - G33:B.P #657 | 14.73; C6:A.P #105 - C16:B.P #310 |
| Ширина малой бороздки | 7.98; A10:A.P #187 - G25:B.P #493 | 11.69; G13:A.P #247 - C32:B.P #638 | 7.2; G5:A.P #83 - G19:B.P #370 |
Задание 3
Результат программы analyze ро торсионным углам содержится в файле.
Для анализа была использована тРНК 1n78. Результат анализа на ходится в файле.
Номера нуклеотидов, образующих стебли(stems): (503-507,549-553;561-570);(539-543;527-531);(510-512;523-525);(519-501;556-572).
Неканонические пары оснований в структуре тРНК: (502G-U571);(554U-A558);(555U-G518);(544A-G526);(538A-C532);(513U-G522);(508U-A546);(514A-A521);(515G-C548).
Дополнительные водородные связи в тРНК: (554U-A558);(508U-A546);(515G-C548).
Стекинг взаимодействие
С помощью данных(файл с данными) о величине площади "перекрывании" 2-х последовательных пар азотистых оснований из файла 1n78.out, полученного программой analyze, была определена пара: (пара №2)GC/GU - 13.79. В Структуру №2 входят молекулы:C503-G570 и G502-U571. Вырезание данных произведено с помощью команды ex_str (pdb-файл), а изображение было получено через команду stack2img.
