Зачетное задание

Был получен геном E.coli

seqret sw:*_ecoli

В рабочей директории были созданы индексные файлы пакета BLAST для поиска по геному E.coli

formatdb -i 3mg.fasta -p T -n ecoli

Была запущена программа getorf, чтобы получить набор трансляций всех открытых рамок
длиной более 240 нуклеотидов,
считая открытой рамкой последовательность триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном,
при использовании бактериального кода

ac200763.fasta

Для этого была выполнена следующая команда:

getorf -minsize 240 -find 1 -table 11
Finds and extracts open reading frames (ORFs)
Input nucleotide sequence(s): ac200671.fasta
protein output sequence(s): ac200763.orf

На выходе получили файл ac200763.orf

Запустил программу blastp, указав в качестве последовательностей для поиска файл ac200763.orf, в качестве банка — отформатированный геном бактерии E.coli, указав порог на E-value, равный 0.001
Создал скрипт из команд, выдающих число находок для каждой последовательности(scr.scr(unix формат)).

Данные все записал в таблицу

table.xls

Имя	Начало во фрагменте	Конец во фрагменте	Направление	Число находок BLASTP	идентификатор самого близкого из найденных белков E. coli	E-value
AC200763_3	1901	2623	прямое	1	YHGF_ECOLI	1*10^-90
AC200763_4	2566	3498	прямое	1	YHGF_ECOLI	3*10^-126
AC200763_5	3458	4093	прямое	3	YHGF_ECOLI	5*10^-89
AC200763_10	6996	6664	обратное	1	RL13_ECOLI	4*10^-54
AC200763_11	6661	6254	обратное	1	RS9_ECOLI	3*10^-64
AC200763_13	5548	4874	обратное	1	SSPA_ECOLI	5*10^-74
AC200763_14	4865	4365	обратное	1	SSPA_ECOLI	2*10^-36
AC200763_18	3909	3643	обратное	25	OMPR_ECOLI	4*10^-113
AC200763_19	3089	2640	обратное	1	ENVZ_ECOLI	1*10^-90
AC200763_20	2572	2279	обратное	3	ENVZ_ECOLI	9*10^-25

fragments.txt

Гены YHGF_ECOLI на прямой, ENVZ_ECOLI на обратной цепи; и ENVZ_ECOLI на прямой и OMPR_ECOLI на обратной цепи перекрыватся.Гены SSPA располагаются на расстоянии 9 нуклеотидов, это 2 фрагмента одного гена

Гены RL13_ECOLI, RS9_ECOLI, SSPA_ECOLI располагаются очень близко, расстояние между RS9_ECOLI и RL13_ECOLI всего 16 нуклеотидов в гипотетических генах, и в геноме расстояние между ними меньше 1000 нуклеотидов, расстояние между SSPA_ECOLI и RS9_ECOLI в геноме менее 400 нуклеотидов, расположенение этих 3 генов в гипотетических генах и генах в геноме в одинаковом порядке, можно сказать что они консервативны, ENVZ_ECOLI и OMPR_ECOLI расположенение этих генов в гипотетических генах и генах в геноме в одинаковом порядке, расстояние в геноме между ними меньше 1000 нуклеотидов, рядом с ними на противоположенной цепи располагается ген YHGF_ECOLI, можно сказать , что они консервативны