Программа BLASTP

Поиск по Swiss-Prot
Поиск по PDB
Поиск по "nr"
"Лучшая" находка
Идентификатор БД
FTSH_ECO57
2CE7
YP_001464653
E-value
0.0
3*10^-152
0.0
Вес (в битах)
1315
535
1318
% идентичности
99
56
100
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах?
C так же весом нет, но есть 10 с таким же E-value
нет
C так же весом нет, но есть 476 с таким же E-value
"хороших" кандидатов в гомологи найдено
807
30
8498
"Худшая" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний
1000
88
13643
Идентификатор БД
RUVB1_NEUCR
1ODF
NP_768177
E-value
0.013
0.98
0.99
Вес (в битах)
41.6
31.6
39.7
% идентичности
55
31
50
% сходства
71
52
68
Длина выравнивания
35
51
624
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.)
186-221
157-205
6-589
% гэпов
5
5
2

Удалось найти мой белок и в SwissProt, и в nr, найдены а структура белка и в pdb, но в ней отсутствует предпоследня аминокислота

Различия в количестве возможных гомологов белка в базах данных и в E-value "худшей находки" объясняются сильным отличием в объёме этих банков данных. В банке "nr" больше всего записей, поэтому больше потенциальных гомологов и самое большое E-value для "худшей находки", а в PDB банке меньше всего записей, значит возможных гомологов меньше.

С помощью BLASTP был найден наилучший гомолог FTSH_ECOLI в далеком от E.coli организме. Для поиска были взяты Homo sapiens, Archaea, Actinobacteria, Alteromonadales, Vibrionaceae (приведены в порядке приближения к E.coli). Первый подходящий белок (E-value < 0.001) был найден у Homo sapiens. найболее далекого гомолога по таксонам.

Лучший гомолог FTSH_ECOLI у Homo sapiens
Номер находки в списке описаний
1
Идентификатор БД
2QZ4
E-value
3*10^-74
Вес (в битах)
273
% идентичности
50
% сходства
72
Длина выравнивания
262
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.)
150 - 405
% гэпов
1

 

С помощью BLASTP был найден белок, содержащий последовательность, похожую на фрагмент белка FTSH_ECOLI . Затем, была получена последовательность лучшей находки в fasta формате и проведен поиск по AC этого белка.

-=Просмотр=-
Поиск по фрагменту
Поиск по полной
последовательности
АС лучшей находки
E-value
4*10^-13
0.0
Вес (в битах)
71.5
706
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах?

нет
12 с таким же E-value, но с разными весами

Лучшей находкой является FTSH_ECO57. Отличие между FTSH_ECOLI и FTSH_RICBR показано на выравнивании

Вырнивание, построенное Blastp:

 

Выделенный фрагмент (отмечен красной рамкой) не совсем совпадает с пробным выравниванием этих последовательностей, проведенных вручную (картинка, расположенная ниже выравния plastp), в выравнивании blastp поседовательности RICBR сдвинута на 1 а.о. влево, засчет этого нарушилось выравнивание.

С помощью программ Needle и Water были получены оптимальное глобальное и оптимальное локальное выравнивания, размеры штрафов за гэп были взяты равными стандартным для программы BLASTP [за создание - 11.0, за удлинение - 1.0]

Оптимальное локальное выравнивание, построенное с помощью water (Скачать msf)

Длина: 600
Идентичность: 347/600 (57.8%)
Схожесть: 446/600 (74.3%)
Гэпы: 10/600 ( 1.7%)
Счет: 1767.0

Просмотр

 

Оптимальное глобальное выравнивание, построенное с помощью needle (Скачать msf)

Длина: 655
Идентичность: 352/655 (53.7%)
Схожесть: 459/655 (70.1%)
Гэпы: 28/655 ( 4.3%)
Счет: 1758.0

Просмотр

Выше на страничке изображено выравнивание этих же белков, построенное с помощью BLASTP

В результате три выравнивания (оптимальное глобальное, оптимальное локальное и blastp) разичаются только длинами последовательностей, а счет локального и глобального очень , так же как и идентичность.

 
 

© Замараев Алексей