Пробные выравнивания

 

1) Заданный фрагмент (seq1) соответствует позициям 125 – 148 в полной последовательности белка FTSH_Ecoli

Выравнивание -=скачать(формат msf)=-

Смореть выравнивание

2) Были выравнены 2 последовательности, одна (seq1) длиной 24 а.о., другая (seq2) длиной 23 а.о.
Получилось выравнивание длинной 24 колонки
Если вес выравнивания расчитывать по формуле W = M – nG (где M — число совпавших букв, G=2 — штраф за пропуск, n — общее число пропусков), (Краевые пропуски не штрафуются, длина пропуска не имеет значения.), то W= 14 – 2*1=12
Процент идентичности этих последовательностей (отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100) равен
Идентичность последовательностей = 14/24*100 =58,3 %

Выравнивание -=скачать(формат msf)=-

3) Первая близкородственная замена (т.е. замена аминокислотных остатков, имеющая по матрице blosum62 положительный вес) в 16 колонке: замена R(аргинин)-K(лизин) имеющая положительный вес 2.

Аргинин(слева) Лизин(справа)

Сходные углеводородные хвосты, заканчивающиеся полярно заряженными аминогруппами.

 

Дополнительные задания

1) Процентом сходства будем считать отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%. Сходными буквами будем считать такие, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62,
число колонок со сходными буквами = 18 (колонки 2-5,7,8,10-21,24)
Процент сходства =18/24*100=75%

2) В этом выравнивании 14 сходных колонок, но число гэпов 2, поэтому вес 10 (W=14-2*2=10)
Выравнивание чуть хуже первого.