Рассмотрим выбранный фрагмент из множественного выравнивания, длины 11 а. о (594-605)

Создано 3 паттерна.
1) Первый паттерн в точности является фрагментом последовательности белка FTSH_ECOLI
2) Второй ("сильный") паттерн распознат все белки выборки, и только их. 
3) Третий ("слабый") паттерн создан на основе второго, сделав требования к последовательности более мягкими.

1) По первому, самому строгому, паттерну, a это участок FTSH_ECOLI с помощью PROSITE в базе данных SwissProt было найдено 3 последовательности, 2 из которых это белки ECO57 и ECOLI это очень близкие гомологи отличающиеся одним а о.

2) По ворому запросу, были найдены все белки, представленные в множественном выравнивании, и еще были найди 3 белка из того семейства и являющиеся гомологами белка FTSH_ECOLI

3) По третьему запросу, самому мягкому, были найдены 21 запись, включающие все 11 белков множественного выравнивания. Были найдены 14 результатов "строгого " выравнивание, причем все принадлежащие семейству FTSH, а оставшиеся все 7 принадлежать семейству URK, и у всех 7 белков этого семейства URK одинаковая последовательность (QIKELLAGRPV).