Практикум 1. Филогенетическое дерево.
Задание 1. Ниже в таблице представлены названия и мнемоники 7 бактерий,
выбранных для составления филогенетического дерева
Было выбрано семество доменов Peptidase_M64 ( АС: PF09471). По БД Pfam он входит в 44 архитектуры, 519 последовательностей. Найден у 391 организма
Данный домен относится к семейству высоко-селективных металлэндопептидаз
Cсылка на домен в PFAM
Ссылка на доменные архитекттуры Были выбраны
дву сымые часто встречающиеся архитектуры
C помощью Jalview было открыто полученное выравнивание доменных участков всех белков,
содержащих исследуемый домен (раскраска Clustalx).
Были выбраны 2 архитектуры: Peptidase M64 N-terminus (173 последоваетльности, 166 вида) и IgA Peptidase M64 (519 последовательностей
и 391 вид)
Ниже представлено выравнивание всех доменных участков а также ссылка на проект
Выравнивание всех доменных участков.
ССылка на проект
Далее было выбрано 22 последовательностей архитектуры (PF09471) и 20 (PF16217).
При этом они относились к царству эукариот
и бактерий.
Ниже представлена ссылка на сводную таблицу.
Сводная таблица
Далее по выбраным последовательностям было создано выравнивание (На рисунке ниже выделена группа имеющая архитектуру
PF16217) Видно, что они
более консервативны нежели последовательности
имеющие более распространенную архитектуру(PF09471) Замечание: пришлось выбросить одну последовательность, так как
она сильно отличалась от остальных
Рис.1
Задание 2: построение филогенетического дерева домена
Филогенетическое дерево (Рис.2)
Рис.2
Расшифровка:
1-первая архитектура
2-вторая
Е-эукариоты
В-бактерии
Для построения использовался метод Максимального правдоподобия (Был проведен bootstrap анализ)
Скобочная формула
Видно, что дерево распадается на две большие клады. К одной относятся эукариоты-черным цветом, к другой бактерии (синим и красным)
Далее мы видим, что ветка бактерий распадается еще на две.
Красным обозначена ветка с представителями 2 архитектуры, синим с 1 архитектурой.
Bootstrap анализ указывает, что ветка которая отделяет бактерии с 1 и 2 архитектурами нельзя считать полностью
достоверной. В принципе, даные архитектуры очень близки, и полагаться только на них при анализе эволюции не стоит.
Также, стоит отметить, что к бактериям попала одна последовательность эукариоты, что несколько подозрительно.