Контакты дигидроксибензоат-АМФ с белком DhbE.
С лигандом контактируют следующие аминокислоты:
- TYR 236
- VAL 305, 329, 337, 425
- HIS 234
- MET 332
- ASP 413
- GLY 306, 307, 331
- LYS 519, 309
- ARG 428
- PHE 330
- ALA 308, 333
Все контакты дигидроксибензоат-АМФ с белком.
Таблица контактов дигидроксибензоат-АМФ с белком DhbE.
| атом лиганда | атом белка | расстояние в Å | предположительная природа контакта |
| атомы бензольного кольца дигидроксибензоата | радикал TYR 236 | < 5.0 | стэкинг-взаимодействие? |
| атомы бензольного кольца дигидроксибензоата | атомы радикалов VAL 329 и 337 |
< 5.0 | гидрофобное взаимодействие? |
 |
|||
| DHB601A.09 кислород карбоксильной группы дигидроксибензоата |
LYS519A.NZ азот аминогруппы радикала лизина |
2,27 | водородная связь? |
 |
|||
| AMP600A.01P гидроксил при атоме фосфора |
ALA333.N азот амидной группы пептидной связи |
2,76 | водородная связь? |
| AMP600A.02P депротонированный в слабокислой среде гидроксил при атоме фосфора |
гетероцикл гистидина(234), положительно заряженный при рН < 6 | 2,49 | электростатическое взаимодействие? |
 |
|||
| AMP600A.02' гидроксил при 2'-углероде рибозы |
ASP413.OD2 кислород карбоксогруппы пептидной связи |
2,14 | водородная связь? |
| AMP600A.03' гидроксил при 3'-углероде рибозы |
ASP413.OD1 кислород карбоксогруппы пептидной связи |
2,60 | водородная связь? |
 |
|||
| атомы гетероцикла аденина | атомы радикала PHE 330 | 2,60 | стэкинг-взаимодействие? |
| атомы гетероцикла аденина | атомы радикала VAL 425 |
< 5.0 | гидрофобное взаимодействие? |
| AMP600A.N6 аминогруппа при 6м углероде гетероцикла аденина |
VAL329A.O кислород карбоксогруппы пептидной связи |
2,73 | водородная связь? |
| AMP600A.N7 7 азом гетероцикла аденина |
GLY307A.N азот амидной группы пептидной связи |
2,98 | водородная связь? |
 |
|||