Задание 1
В данном задании были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которых представляет собой 5 раз повторенную последовательность GATC, с помощью программы fiber пакета 3DNA.
Задание 2
У гуанина в сторону большой бороздки обращены атомы DG`25/C8, DG`25/C5, DG`25/C6, DG`25/O6, DG`25/N7
В сторону малой бороздки обращены атомы DG`25/C2, DG`25/N2, DG`25/N3, DG`25/N9, DG`25/C4.
С помощью прорграммы ChemSketch было получено изображение гуанина, где синим обозначены атомы обращенные в сторону малой бороздки, красным - в сторону большой.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали, Å | 28.0 | 33.8 | 42.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки, Å | 11.4 (A/DC-3---B/DG-6) | 17.4 (A/DG-2---B/DT-19) | 8.2 (A/DG-6---B/8MG-10) |
| Ширина малой бороздки, Å | 16.0 (B/DG-6---A/DG-12) | 8.9 (B/DT-19---A/DG-10) | 15.7 (B/DC-9---A/DC-3) |
Задание 2
Для анализа структур нуклеиновых кислот использовались программы find_pair и analyze. Работа проводилась со следующим файлом 1n78
2 задание
Водородные связи
В данном файле представлена таблица с информацией о водородных связях
Hомера нуклеотидов, образующих стебли во вторичной структуре заданной тРНК
Цепь C
(501-507)...(572-566)
(538-544)...(526-532)
(510-513)...(525-522)
(549-553)...(565-561)
Цепь D
(501-507)...(572-566)
(538-544)...(526-532)
(510-513)...(525-522)
(549-553)...(565-561)
Неканонические пары
Всего было найдено 18 неканонических пар
2 [..G]G-*---U[..U] 13 [..U]U-**--A[..A] 14 [..U]U-**+-G[..G] 15 [..A]A-**--C[..C] 21 [..A]A-**--G[..G] 25 [..U]U-*---G[..G] 26 [..U]U-**--A[..A] 27 [..A]A-**--A[..A] 28 [..G]G-**+-C[..C] 31 [..G]G-*---U[..U] 42 [..U]U-**--A[..A] 43 [..U]U-**+-G[..G] 44 [..A]A-**--C[..C] 50 [..A]A-**--G[..G] 54 [..U]U-*---G[..G] 55 [..U]U-**--A[..A] 56 [..A]A-**--A[..A] 57 [..G]G-**+-C[..C]
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру
29 (0.004) ....>C:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:C<.... (0.002)
58 (0.004) ....>D:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:D<.... (0.003)