Отчёт за второй блок

Срок сдачи отчёта — 20 ч. 30 мин. 9 ноября 2005 г. (среда)

Отчёт за второй блок должен включать 4 документа в формате MS-Word (или HTML), а именно:

1. Отчет о результатах выполнения упражнений 2 и 3 занятия 6.
2. Отчет о результате выполнения упражнения 4 занятия 6
3. Отчет о результатах выполнения упражнений 2, 3 и 4 занятия 7 и всех упражнений занятия 8.
4. Отчет о результатах выполнения упражнений занятия 9.

Для зачета необходимо удовлетворительно выполнить все четыре части. На вашем сайте должны появиться соответствующие гиперссылки:

1. Информация банка EMBL о гене белка (такого-то)
2. Структура транслируемых участков человеческого гена (такого-то)
3. Поиск гомологов белка (такого-то) в геномах родственных бактерий
4. Предсказание генов во фрагменте генома бактерии Yersinia bercovieri

Каждый отчет должен быть разумно озаглавлен, и, если необходимо, разбит на разумно озаглавленные главки. Должны присутствовать не только результаты, но и краткие формулировки заданий, а также важнейшие параметры использованных программ и прочие существенные для воспроизведения результата детали. Приветствуются разумные комментарии к результатам.

В отчете по последнему заданию должны быть приведены команды, которыми были получены
 – исследуемый фрагмент генома;
 – трансляции ORF'ов фрагмента;
 – файл с последовательностями белков Enterobacteriales;
 – индексные файлы BLAST.
Приведите также скрипт, которым получен результат о числе гомологов каждого ORF'а, таблицу ORF'ов (в виде ссылки на книгу Excel или в виде таблицы Word), схему расположения предсказанных генов (см. задание 4 занятия 9).