Занятие 3. Bootstrap и drawtree

 
     

 

Обязательные задания

  1. Проведите бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям вашего дерева (см. упражнения 3 и 4 предыдущего задания). Этапы работы:
    1. Программой fseqboot создайте 100 бутстреп-реплик выравнивания: 
      fseqboot ali.fasta -auto
      (результат будет положен в файл с расширением .fseqboot).
    2. Подайте полученные 100 выравниваний на вход программе fdnaml. В выходном файле (.treefile) окажется 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.
    3. Запустите программу fconsense. В выходной файл будут помещены результаты бутстреп-анализа.
    В отчете по этому упражнению опишите, совпало ли консенсусное дерево по топологии с реальным деревом, а также каковы бутстреп-значения внутренних ветвей консенсусного и реального деревьев. Проиллюстрируйте свои выводы выдержками из выходного файла.
     
  2. Создайте изображение своего дерева программой fdrawtree.
    1. Поместите скобочную формулу в отдельный файл.
    2. Подайте файл на вход fdrawtree.
    3. Результат fdrawtree имеет формат postscript. Рекомендуется переименовать выходной файл, придав ему расширение .ps, после чего его можно либо прямо импортировать в документ Word, либо открыть под Windows ассоциированной программой GSview и экспорировать в GIF-формат
    Отчет по этому упражнению состоит из изображения и подписи к нему.

Формат отчёта по обязательным заданиям первого блока

Гиперссылка "Филогенетическое дерево и его реконструкция" должна вести на отчет в формате Word или HTML. В отчете должно быть 6 пунктов (по одному на каждое упражнение занятий 2 и 3). Срок — утро вторника, 6 марта.

Те, кто сделал все обязательные задания, могут приступать к дополнительным.