Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Практикум 9: Изображение выравниваний

Прежде всего - несколько замечаний, касающихся всего блока.

Задания этого блока выполняется с помощью редактора выравниваний Jalview (инструкция).

ВАЖНО: Во многих заданиях (в этом и следующих практикумах) требуется привести в качестве результата некое выравнивание или последовательность. Есть разные способы это сделать. Очень хорошо поместить в отчет картинку с выравниванием, которое еще и раскрашено должным образом (например, ClustalX или BLOSUM62, по консервативности или Above identity threshold - процент зависит от задания). Это позволяет читателю оценить, что вы построили, непосредственно в процессе чтения отчета. НО ЭТОГО АБСОЛЮТНО НЕДОСТАТОЧНО! У читателя любого вашего текста может возникнуть необходимость самому работать с построенным вами объектом (например, с выравниванием). Поэтому в любой работе необходимо приводить не только изображение выравнивания (последовательности), но и само выравнивание (последовательность) в одном из распространенных форматов: проект в формате jar/jvp (из Jalveiw), FASTA.

ТОЖЕ ВАЖНО: Пожалейте читателя. Ему читать около 50ти отчетов (и некоторые - не один раз). И впечатление от вашей работы напрямую зависит от удобства представления результатов. И это не только оформление веб-страницы. Например, при оформлении файла с проектом JalView я настоятельно рекомендую (а за невыполнение рекомендаций могу и не зачесть практикум или оштрафовать): 1. Убрать из проекта все лишние окна. Если в задании требуется показать три выравнивания, то должно быть именно три окна. Тот факт, что при выполнении задания вы открыли еще пять других, мало кому интересен, - не надо показывать мне все свои черновики. 2. Назвать все окна понятным способом (для этого надо открыть выравнивание из файла с понятным названием).

И ЕЩЕ ВАЖНЕЕ: Работа с выравниваниями требует уверенного знания свойств аминокислот. Поэтому, вот эту таблицу надо изучить наизусть. Незнание этих свойств, проявленное в отчете или при любом общении с преподавателями (например, на коллоквиуме или зачете), будет означать, что студент отправляется повторять эти сведения. Дальнейшее общение с ним начинается с проверки результатов повторения.

Кстати, на следующем занятии будет контрольная на эту тему.

—

Формат отчёта по первому заданию: html-страница с отчетом + выравнивание в формате FASTA + MSF + файл в формате JAR/JVR.

Дано: Шесть идентификаторов белков из базы данных UniProt. Среди них пять белков гомологичны, а один - не гомологичен остальным.

Задание 1. Постройте множественное выравнивание

Дано шесть идентификаторов UniProt. Скачайте указанные последовательности и сохраните их в FASTA-файле. Откройте этот файл в программе JalView. Постройте множественное выравнивание программой Muscle с параметрами по умолчанию.

Задание 2. Удалите из выравнивания последовательность, не гомологичную остальным

О гомологичности судят по сходству последовательностей. Найдите последовательность, которая сильно отличается от остальных, и удалите ее из выравнивания. При этом могут получиться пустые колонки, которые надо удалить.

В некоторых случаях N- и C- концевые участки пяти гомологичных последовательностей не гомологичны. Об этом можно судить по отсутствию консервативных колонок, по разной длине, по наличию многих гэпов. Такие участки следует удалить из выравнивания.

НЕ УДАЛЯЙТЕ малосходные участки внутри выравнивания!!!

Указание: Чтобы найти лишнюю последовательность раскрасьте выравнивание по схеме BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%. JalView покажет консервативные колонки (те, в которых во всех последовательностях расположена одна и та же или сходные аминокислоты). При удалении лишней последовательности число таких колонок значительно возрастает. Можно попробовать удалить каждую из шести последовательностей и выбрать лишнюю.

В отчете должно быть:

  1. Описание проделанной работы.
  2. Идентификатор лишней последовательности.
  3. Изображение выравнивания, полученного в задании 2, в раскраске BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%.
  4. Ссылки на выравнивание, полученное во втором задании, в форматах FASTA и MSF.

  5. Ссылка на проект JalView с тремя окнами - с выравниванием шести последовательностей из задания 1 и с выравниванием из задания 2 в раскрасках BLOSUM62 и ClustalX (порог по консервативности - 30%).