Задание 3. Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.

Упражнение 1. Большие и малые бороздки.

Заданное азотистое основание - аденин.

Расположены в сторону	A-	B-	Z-
К большой бороздке	a10.c5 a10.n6 a10.c6 a10.n7 a10.c8	То же, что и в A	Не содержит аденин
К малой бороздке	a10.n9 a10.c4 a10.n3 a10.c2	То же, что и в A	Не содержит аденин
Остальные атомы	a6.n1	То же, что и в A	Не содержит аденин

Упражнение 2. Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.

Полученная таблица, данные для аденина в регулярных структурах A-, B- и цитозина с гуанином в Z:

	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Левая	Левая
Шаг спирали (A)	28.03	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	16.81 (A10A.P - G33B.P)	17.21 (A10A.P - C28B.P)	18.30 (C6A.P - C12B.P)
Ширина малой бороздки	7.98 (A10A.P - G25B.P)	11.69 (A10A.P - T35B.P)	8.68 (G17B.P - G9A.P)

Упражнение 3. Сравнение торсионных углов в структурах A- и B- форм.

Таблица по результатам измерений:

	α (P - O5')	β (O5' - C5')	γ (C5' - C4')	δ (C4' - C3')	ε (C3' - O3')	ξ (O3' - P)	χ (C1' - N)
A-форма	-51.67	174.79	41.73	79.11	-147.75	-75.15	-157.18
B-форма	-29.89	136.32	31.17	143.34	-140.77	-160.50	-97.97

Значения торсионных углов из презентации:

	α (P - O5')	β (O5' - C5')	γ (C5' - C4')	δ (C4' - C3')	ε (C3' - O3')	ξ (O3' - P)	χ (C1' - N)
A-форма	-62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
B-форма	-63	171	54	123 или 131	155	-90	-117