Пространственные структуры нуклеиновых кислот
A- и B-формы ДНК
GO TO:
Визуальный анализ структур ДНК с использованием RasMol и
пакета программ 3DNA.
Целью данной задачи было ознакомление с различными формами ДНК-спиралей. Нам предлагалось построить модели А- и Б- форм дуплекса заданной последовательности НК (GATC)4 с использованием программы FIBER пакета 3DNA, и провести визуальный анализ этих моделей и одной уже заданной.
(GATC)4 a-form (GATC)4 b-form Given unkown DNA structure
Табл1. Результаты визуального анализа.
 A-формаB-формаФайл dna23.pdb
Тип спирали (правая или левая) праваяправаяправая
Шаг спирали (Å) 28.02833.752колеблится от 27.51 (ближе к концам) до 31.10 (в средней части)
Число оснований на виток 111010-12
Ширина большой бороздки 7.98(T23 chain B)17.210(C12 chain A)в среднем около 10.1, может достигать как 11.624 (U6 chain B), так и 8.757(U11 chain B)
Ширина малой бороздки 16.80(T23 chain B)11.693(C12 chain A)в среднем в районе 15.80 [от 15.04(U11 chain A) до 16.426(G23 chain A)]
Численный анализ с использованием программ FIND_PAIR и
ANALYZE пакета программ 3DNA.
Во второй части работы нам было предложенно проанализировать все три структуры с помошью указанных выше программ и, в частности, сравнить значения основных торсионных углов α, β,γ, δ, ε, ζ, χ. Ниже приведены соответсвующие данный, полученные программой ANALYZE (и обработанные в EXCEL):
Соответсвующий XLS-файл
Полные выходные файлы программы ANALYZE - "gatc-a.out", "gatc-b.out", "dna23.out".

Из приведённых результатов видно, что данная неизвестная ДНК dna23 больше похожа на A-форму, однако значения торсионного угла β получились очень разнообразными и лишь некоторые из них отвечают стандартной "чистой" А-форме.
Стопочные изображения данных фрагментов, созданные программой PDB2IMG (Изображение dna23 "вид сверху" создать не удалось - из-за исходного расположения "с боку"):
(GATC)16 a-form (GATC)16 b-form Given unkown DNA structure
© designed by Alex Makarov