| Блок 1: Структура нуклеиновых кислот
|
| |
1. ( 7 сент.) (2 час) |
| |
|
Химическая структура НК
(АВГ)
Студенты знакомятся с химической структурой НК,
а также делают попытку предсказать водородные
связи, образуемые основаниями в ДНК.
[задания]
[материалы]
[презентация]
|
| |
2. (14 сент.) (2 час) |
| |
|
Пространственная структура ДНК
(АВГ)
Студенты изучают структуру ДНК,
сравнивают А и В формы ДНК и находят различия.
Первое знакомство с пакетом 3DNA.
[задания]
[материалы]
[презентация]
|
| |
3. (21 сент.)(2 час) |
| |
|
Пространственная структура РНК
(АВГ)
Студенты изучают структуру РНК и
строят вторичную структуру РНК разными способами.
[задания]
[материалы]
[презентация]
|
| |
4. (28 сент.) (2 часа) |
| |
|
Зачетное задание
[Индивидуальные ID]
[задание]
|
Блок 2: Работа с последовательностями
нуклеиновых кислот
|
| |
5. (5 окт.) (2 час) |
| |
|
UNIX: интерпретатор командной строки
(САС)
Студенты знакомятся с принципами работы интерпретатора
командной строки tcsh
[задания]
[материалы]
|
| |
6. (12 окт.) (2 час) |
| |
|
EMBOSS (САС)
Студенты знакомятся с основными принципами работы с пакетом
молекулярно-биологических приложений EMBOSS
[задания]
[материалы]
|
| |
7. (19 окт.) (2 час) |
| |
|
EMBL (ПСН)
Студенты знакомятся с банком нуклеотидных последовательностей EMBL
[задания]
[материалы]
|
| |
8. (26 окт.) (2 час) |
| |
|
BLAST (САС)
Подробнее о поиске в нуклеотидных банках программами пакета BLAST
[задание]
|
| |
9. (2 ноября) |
| |
|
Анализ парного выравнивания нуклеотидных последовательностей (ПСН)
[задания]
[материалы]
|
| |
10. (9 ноября) |
| |
|
Зачетное задание 2
[часть 1 — контрольная работа]
[часть 2 — до 29 ноября]
|
Блок 3: Филогенетические деревья
|
| |
11. (16 ноября) |
| |
|
Моделирование эволюции (А.Б.Р.)
Студенты разбирают скобочную структуру дерева и получают
набор последовательностей, эволюционировавших в соответствии с этим деревом.
[задания]
|
| |
12. (30 ноября) |
| |
|
Эволюционные расстояния (А.Б.Р.)
Студенты оценивают разными способами эволюционные расстояния
между своими последовательностями и сравнивают полученные
оценки с реальным числом мутаций.
[задания]
|
| |
13. (7 декабря) |
| |
|
Реконструкция филогенетических деревьев
(С.А.С.)
Студенты применяют к своим последовательностям программы
реконструкции деревьев и сравнивают результаты между собой и с
исходным деревом.
[задания]
|
| |
14. (14 декабря) |
| |
|
Анализ филогенетических деревьев
(А.Б.Р.)
Студенты анализируют два реальных примера филогенетических деревьев.
[задания]
|
| |
Зачетное задание
(до 2030 17 декабря) |
