Kodomo

Пользователь

Шелл

План рассказа

  1. Скприпты.
    • #!/bin/sh
    • переменные $1 .. $9, ${10} ..
    • цикл for
  2. Кавычки ', "
  3. find, xargs

Упражнения

  1. Создайте в директории файлы A, b, C, d; одной строкой переименуйте все файлы так, чтобы в их названии были только маленькие буквы (подсказка: tr A-Z a-z, обратные кавычки, echo и mv ваши друзья)
  2. Создайте в директории файлы "A b" "C d" e f; замените в именах файлов пробелы на подчёркивания

  3. Создайте директории A, B, C, и в них файлы A/a, A/b, B/a, B/b, C/a, C/c; соберите все эти файлы в текущей директории; (очевидно, если это делать влоб, то из нескольких разных файлов a останется только один, это не то, чего мы хотим; поэтому их нужно будет переименовать так, чтобы они различались; например, оставить в имени файла его директорию, т.е. переименовать A/a в A_a и т.д.)

  4. Найдите у себя в домашней директории все директории, имеющие для других или группы права на чтение, но не на исполнение, и исправьте на них права (либо чтобы никто не мог читать, либо, чтобы все могли исполнять, на ваш вкус)1

  5. Отыщите у себя в public_html файл с наибольшим количеством строк (подсказка: ваши друзья: find, xargs, wc -l, sort -n)
  6. Отыщите у себя в public_html файл с наибольшим количеством пустых строк (подсказка: ещё поможет egrep -c)

  7. Сделайте FASTA-файл с короткой (<15) нуклеотидной последовательностью от фонаря.2 Поищите его в BLAST'овской базе /srv/databases/assembly/X5.fasta/blast-try1/X5.00 без отсечения по e-value. В базе лежат данные из файлов /srv/databases/assembly/X5.fasta/X5-l*R1*00{1,2,3,4,5}.fasta; это сырые риды из секвенатора; они одинаковой длины. (Подсказка: megablast -d /srv/databases/assembly/X5.fasta/blast-try1/X5.00 -i ваш_файл -W8 -m8 -e100000 -b10 ваш друг; почитайте man megablast или megablast --help, чтобы разобраться, что здесь к чему; чтобы узнать формат выходной таблицы нужно заменить -m8 на -m9; для вытаскивания придётся либо подготовить файл со списком последовательностей для seqret – ваши друзья sed и документация по EMBOSS USA, – либо воспользоваться grep -A 3, и снова sed ваш друг). Выровняйте ваши находки musle и clustalw. Как вам кажется, результат похож на правду в каком-нибудь приближении?

  1. Правда, вероятнее всего, у вас таких директорий нет. Это значит придётся сначала сделать себе для пробы одну-две таких где-нибудь в дебрях создать. (1)

  2. Предположим, что вы мысленно отсеквенировали фонарь. (2)