Kodomo

Пользователь

Материалы к практикуму 6

Краткая характеристика некоторых программ пакета BLAST

Программа

Пробная посл-ть

Где ищет (тип данных банка)

Для чего служит

Примечание

BLASTN

НК

НК

Поиск последовательности в банке; предсказание транскрибируемых участков (проба — участок генома; банк — транскрипты)

Последние версии позволяют достаточно эффективно искать гомологи при надлежащем выборе параметров

BLASTP

Белок

Белки

Поиск гомологов

BLASTX

НК

Белки

Эта программа часто используется на первом этапе анализа новых нуклеотидных последовательностей для предсказания кодирующих участков

Проба транслируется в 6 рамках

TBLASTN

Белок

НК

Поиск гомологов белка в неаннотированных нуклеотидных последовательностях

Банк транслируется в 6 рамках

TBLASTX

НК

НК

Поиск гомологов к кодирующим участкам. Полезна, если в пробной последовательности много ошибок.

6×6=36. Работает долго. Применяется редко.

Про программы пакета BLAST и их установку на своем компьютере читайте здесь.


Внимание! Для выполнения заданий Вам понадобится не менее 5Mb дискового пространства. Рекомендуется проверить, не превысили ли Вы квоту, и если да, то почистить свой диск.


Как создать индексные файлы для программ пакета BLAST

Зайдите на kodomo, перейдите в свою рабочую директорию и вызовите подсказку к программе makeblastdb, набрав

Вам понадобятся параметры -in, -out и -dbtype, остальные не нужны. Изучите их смысл и придайте им правильные значения. Программа makeblastdb создает в текущей директории три файла с расширениями (для нуклеотидной базы) nhr, nin и nsq; первая часть имен этих трех файлов одинаковая, это и есть "Name of BLAST database". Рекомендуется сделать это имя коротким (например, "pp" для генома P. polymyxa).

Для запуска программы командная строка должна содержать для каждого из задаваемых параметров его название, а затем после пробела – его значение. Это стандартный способ указывать значения параметров в консольных приложениях UNIX. Выглядит это так:

 program -param1 value1 -param2 -value2

(параметров может быть сколько угодно; их порядок, как правило, неважен).

Как запустить выбранную программу из пакета BLAST

Чтобы запустить одну из программ поиска пакета BLAST, нужно иметь в своей директории файл с пробной последовательностью в fasta-формате и индексные файлы "банка последовательностей". Названия программ (blastp и д.т.) набираются строчными буквами. Чтобы получить подсказку, запустите выбранную программу с опцией -help.

Вам понадобятся следующие параметры: -query, -db (базовое имя индексных файлов), -out, -evalue. Для программы blastn при поиске гомологов необходимо также указать -task blastn (иначе будет запущен megablast, для поиска гомологов не пригодный уже по замыслу).

Как запустить поиск программой BLASTN на сайте EBI и воспользоваться результатом

На головной странице EBI (http://www.ebi.ac.uk/) в меню Tools выберите "Similarity&Homology" → "NCBI BLAST", затем пройдите по гиперссылке "Nucleotide Databases".

Поскольку вам известно, что последовательность – из бактерии и описана в одной из стандартных записей, снимите галочку против "EMBL Release"; после чего щёлкните сначала по треугольнику возле "EMBL Release", затем по треугольнику возле "EMBL Prokaryote" и поставьте галочку против "EMBL Standard Prokaryote".

Последующие действия по запуску BLASTN понятны. Получив результат (это может занять несколько минут), нажмите "Show alignments", чтобы увидеть не только ID записей, но и кооординаты находок в ней.

Запишите координаты одной из находок, в которой в выравнивание попала вся пробная последовательность, а совпадение – 100%. Если концу пробной последовательности соответствует большее число, чем началу, значит, направление последовательности совпадает с направлением записи; если наоборот – значит для записи выбрано противоположное направление (комплементарная последовательность).

Посмотрите саму запись (это можно сделать непосредственно со странички с результатами, пройдя сначала по гиперссылке с ID записи, затем по гиперссылке "Text"). Найдите в поле FT, описан ли как-либо участок записи EMBL, с которой совпала заданная последовательность.