Геномные браузеры

Ваша задача – ознакомиться с возможностями веб-сервисов, называемых "геномными браузерами" и описать свои впечатления в отчёте. Задание творческое, подробных инструкций не ждите!

1. EnsEMBL

Портал EnsEMBL (читается "ансамбль", от французского слова "ensemble" отличается написанием, намекающим на банк EMBL) расположен по адресу http://www.ensembl.org и предназначен для визуализации известной информации о геномах человека и животных.

Для начала поищите информацию о гене человека, который вы описывали на занятии по EMBL (задания 2 и 3). Рекомендуется начать с поиска последовательности участка гена (например, одного из экзонов) в человеческом геноме сервисом "BLAST/BLAT" (гиперссылка вверху заглавной страницы). Опишите, что вы поняли на странице результата (можно описать и то, что осталось непонятным, несмотря на старания понять).

Далее пройдите по гиперссылке "Contig view", обозначенной маленькой буквой "C" внизу. Опишите, какую информацию можно получить с этой страницы, какие возможности визуализации она предоставляет и т.д.

"Побродите" ещё по порталу, опишите, что вам удалось узнать о его возможностях. Например, можете попытаться найти ген по его названию.

Чем более информативным будет ваше описание, тем лучше. Оцениваться будет прежде всего проявление стремления освоить новый сервис, а также ясность изложения информации.

2. Другие геномные браузеры

Ознакомьтесь ещё с каким-нибудь геномным браузером. Ссылки на три других браузера имеются в EnsEMBL'е на странице Contig view (слева). В отчёте опишите свои впечатления. Желательно сравнение с EnsEMBL (например, сравните визуализацию информации о каком-либо участке хромосомы или информацию о каком-либо конкретном гене).