Различия между версиями 10 и 11
Версия 10 от 2025-05-05 12:36:12
Размер: 6482
Редактор: vakulenko_julia
Комментарий:
Версия 11 от 2025-05-14 08:17:04
Размер: 6506
Редактор: vakulenko_julia
Комментарий:
Удаления помечены так. Добавления помечены так.
Строка 39: Строка 39:
B с референсом A и C с референсом A. Выравнивания экспортируются в виде текстовых файлов. Из выравниваний A с B и A с C можно построить выравнивание A, B и C в текстовом редакторе следующим образом: B с референсом A и C с референсом A. Выравнивания экспортируются в виде текстовых файлов в формате fasta. Из выравниваний A с B и A с C можно построить выравнивание A, B и C в текстовом редакторе следующим образом:

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2024

Пояснения

1. Программа

Идею алгоритма сравнения выравниваний можно взять из материалов лекции.

Использование программы должно быть удобно для пользователей. Следует подумать о том

  • все ли требования к входным файла оговорены в инструкции
  • удобно ли запускать и перезапускать программу с теми же или отличными входными файлами
  • удобно ли использовать выходную таблицу для анализа

2. Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей разными программами

  • ручным методом в Jalview (можно использовать сервис VerAlign). Минимально, следует найти несколько участков совпадения выравниваний и участков несовпадения.

В этом варианте ожидаю сравнения двух пар выравниваний и заключение по ним.

  • с помощью программы для сравнения выравниваний. Этот вариант предпочтителен.

В этом случае получаете таблицу номеров одинаково выровненных колонок. Из этой таблицы легко находятся блоки подряд идущих одинаково выровненных колонок, их положение в выравнивании; также участки, в которых нет одинаково выровненных колонок.

Интерес - в сравнении нескольких пар разных программ по параметрам которые сумеете извлечь из статистических данных. И сделаете вывод о программах - чем их выравнивания отличаются. Подтверждением выводов могут быть визуально проверенные примеры. В описании полезно показать их на рисунках.

Следует сделать ссылку на Jalview проекты со сравниваемыми выравниваниями - чтобы легко было проверять.

3. Постройте выравнивание по совмещению структур и сравните его с выравниванием MSA

Выбираете семейство Pfam, в котором есть 3D структуры минимум трех разных белков семейства. Необходимо выбрать 3D структуры разных белков, а не разных расшифровок пространственной структуры одного и того же белка.

Нужно сравнить два выравнивания последовательностей белков:

  • Выравнивание последовательностей, полученное из совмещения структур. В таком выравнивании в колонке находятся аминокислоты, СА атомы которых расположены рядом в совмещении.

В PDB доступно совмещение только пар структур (Заходим на сайт PDB → Навигация наверху страницы → Analyze → Pairwise Structure Alignment). Можно задать три (A, B, C) или более pdb кодов на вход. Тогда первый белок A считается референсом и строится совмещение A с B и A c С. Выдаётся два выравнивания: B с референсом A и C с референсом A. Выравнивания экспортируются в виде текстовых файлов в формате fasta. Из выравниваний A с B и A с C можно построить выравнивание A, B и C в текстовом редакторе следующим образом:

Открыть файл с двумя выравниваниями в текстовом редакторе. У Вас есть общая последовательность А в двух выравниваниях. Идете глазами от первой позиции выравнивания и сравниваете последовательность А в первом и втором выравнивании. Если в первом выравнивании в А появляется гэп, то вставляете гэп по второе выравнивание (в обе последовательности второго выравнивания!). И наоборот. Потом лишнюю последовательность А удаляете, получается множественное выравнивание из 3 последовательностей

  • Выравнивание последовательностей, полученное программой MSA. Тут всё просто - делайте его любой программой MSA, например, доступной из JalView.

Сравнить эти два выравнивания можно так, как Вы делали в предыдущем задании, т.е. глазами или программой.

В отчете должна быть ссылка на проект в Jalview c двумя выравниваниями и изображение совмещения трех структур.

4. Кратко опишите одну из программ MSA

Это задание на работу с литературой. Поиск в Google по имени программы, поиск статей в Pubmed. Обязательно указывайте источник информации.

2024/2/pr13/hints (последним исправлял пользователь vakulenko_julia 2025-05-14 08:17:04)