Kodomo

Пользователь

Список ПО, установленного на сервере kodomo

Более полный и актуальный список установленных пакетов можно получить с помощью aptitude: 

aptitude search "package-name"
aptitude versions "package-name"
aptitude show "package-name"

Некоторые программы установлены через conda и отсутствуют в списке. Для получения полного списка пакетов conda используйте команду list: 

conda list

Сторонние программы располагаются в папке /opt/

Молекулярная биология

emboss
6.6.0
fastme
2.1.6.4
ncbi-entrez-direct
14.6.20210224
phylip
3.697

Выраванивания и поиск сигналов

cbcalc
1.2.2
clustalw
2.1
dialign
2.2.1-11
hmmer
3.3.2
hmmer2
2.3.2
mafft
7.475-1
meme
5.5.1
muscle
3.8.1551-2
ncbi-blast+
2.11.0
npge
0.5.8
pftools
3.2.6-1
prank
0.0.170427
wise
2.4.1-23

Работа с 3D-структурами и молекулярная динамика

apbs
3.0.0
autodock
4.2.6-8
autodock-vina
1.1.2-6
autogrid
4.2.6-8
dssp
4.0.0-2
gromacs
2020.6-2
hbplus
0.1-4
mopac
22.0.4
nucplot
0.1-4
openbabel
3.1.1
vienna-rna
2.4.17
x3dna
2.4.5

NGS

bamtools
2.5.1
bcftools
1.11-1
bedtools
2.30.0
bowtie
1.3.0
bowtie2
2.4.2-2
bwa
0.7.17-6
ensembl-vep
107.0
fastqc
0.11.9
gatk3
3.8-1
hisat2
2.2.1-2
macs
2.2.7.1-3
python-htseq
0.13.5-1
picard
2.27.5
samtools
1.11-1
snpEff
5.2a
spades
3.13.1
tabix
1.11-4
trimmomatic
0.39
vcftools
0.1.16-2
velvet
1.2.10

Программирование и вспомогательные средства

g++
10.2.1-1
gcc
10.2.1-1
git
2.30.2-1
pandoc
2.9.2.1-1
perl
5.32.1-4
python2
2.7.18-8 (без пакетов)
python3
3.9.13 (conda)
ruby
2.7.4

Info/KodomoSoftware (последним исправлял пользователь is_rusinov 2021-08-16 05:03:21)