Редактор выравниваний Genedoc

Старая программа, только под Windows.

Некоторые её полезные функции не реализованы в известных мне современных программах.

Родной формат множественного выравнивания - .msf.

Выравнивания в другом формате надо импортировать, сначала создав Project (File => new)

Правая кнопка мыши не используется. Старина, что поделать.

1. Раскраска выравнивания.
   • Меню Shade.
     • По умолчанию хорошая раскраска:
       • Conservation Mode
       • Enable similarity groups
       • Shade to 4 levels

     • Менять пороги для 4х цветов можно в Project => Configure => Shade

     • Менять similarity groups можно в Project => Configure => Score tables изменяя матрицу

     • Некоторые другие настройки конфигурации также понятны без объяснений

     • Сохранить статистику аминокислотных остатков по колонкам Report => Column composition report. Простым скриптом или в Excel можно найти все консервативные и другие типы колонок

2. Выделение и сохранение блоков как рисунков
   1. Print screen и графический редактор

   2. Project => Select columns или Ctrl L,

      • выделяете блок колонок мышкой

      • project => copy to new project, получаете блок в новом окне

      • Print screen и графический редактор или

      • Edit => Select blocks to copy или Ctrl E. Под блоком здесь понимается один ряд выравнивания, если оно разбито по ширине окна на несколько рядов.

      • Edit => Copy selected blocks to => HTML file. Эта опция работает. Другие so-so. Некоторые сохраняют, но в форматах, которые неизвестны современным программам.

   3. Меняя ширину окна можно подогнать так, чтобы нужный блок сохранялся в одном ряду.