Установка jalview на линукс-машинах (дебиан или клоны: убунты/кубунты).

Проверяем установленную у нас версию java командой java -version;

Появится сообщение, например, java version "1.5.0"

Для установки jalview-2_11 нужна минимальная версия виртуальной машины Java - 1.8. Её могут называть JVM-1.8 или похоже.

Но мы ищем и скачиваем пакет jre-8u251-linux-i586.tar.gz (например, с www.oracle.com; на зеркалах может назыв. иначе). Аббревиатура JRE означает Java Runtime Environment. Это то, что нам нужно (для запуска Java-приложений без компилятора).

Дальше с админ. правами (root):

Создаём подкаталог "java" в каталоге "usr":
# cd /usr
# mkdir java
перемещаем наш tar.gz архив в созданный каталог:
# mv ...(локальный путь, где лежит).../jre-8u251-linux-i386.tar.gz /usr/java/jre-8u251-linux-i386.tar.gz
переходим в этот каталог:
# cd /usr/java/

Распаковка/установка командой tar -zxvf jre-8u73-linux-i586.tar.gz

В каталоге java будет автоматически создан каталог jre1.8.0_73 (или как-то иначе "jre1.8...."). Всё, Java-машина установлена (она же JVM, она же JRE).

В особых случаях, возможно, придётся обновить какие-то библиотеки, например: apt install libstdc++5 Но скорее всего, это не понадобится.

Дальше устанавливаем сам пакет jalview командой: # bash jalview-2_11_1_0-unix-java_8.sh

(это можно и не из под рута, а с правами обычного юзера). Если под root'ом, то будет автоматически создан подкаталог /opt/jalview. Если с пользовательской учётной записью, то автоматически создастся /home/<...имя_юзера...>/opt/jalview. При установке будет красивая картинка (как в виндусах), пару раз надо будет нажать ОК.

Кто хочет углубиться в Java, то вот тут у них ссылка на документацию: https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk8-doc-downloads.html (118 мб)

Там же на oracle.com доступно для скачивания jdk-8u251-linux-i586.tar.gz

Это Java Development Kit (JDK) — бесплатный комплект для разработчика на Java (включает и компилятор).