Main/MolDynamicsTutorials/NAMD

Пошаговая установка NAMD на суперкомпьютер "Чебышев" (СКИФ)

Предполагается, что WinSCP и PuTTY установлены и настроены. Предполагается, что имеется аккаунт на СКИФе. Пусть это будет "user". То есть домашняя директория - /home/user/.

Скачать исходники NAMD с официального сайта http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD к себе на компьютер. Файл: NAMD_2.7b3_Source.tar.gz.
Подключиться к СКИФу с помощью WinSCP и загрузить исходники NAMD в домашнюю директорию.
Подключиться через PuTTY к СКИФу (Если в настройках WinSCP прописан путь к PuTTY, то сочетание клавиш Ctrl+P откроет окно PuTTY). Перейти в домашнюю директорию (если вдруг не в ней):
- ```
  cd ~
```
Если еще не заведена папка для программ, то завести ее и перейти в нее. Пусть это будет "mdsoft":
- ```
  mkdir -p mdsoft
  cd mdsoft/
```
Распаковать исходники NAMD в директорию для программ, переименовать и перейти в нее:
- ```
  tar xzf ~/NAMD_2.7b3_Source.tar.gz
  mv NAMD_2.7b3_Source NAMD
  cd NAMD/
```
Распаковать исходники Charm (входят в состав NAMD) в директорию NAMD и перейти в них:
- ```
  tar xf charm-6.2.1.tar
  cd charm-6.2.1
```

Build and test the Charm++/Converse library (MPI version):

  env MPICXX=mpicxx ./build charm++ mpi-linux-x86_64 --no-build-shared --with-production
  cd mpi-linux-x86_64/tests/charm++/megatest
  make pgm

Запустить ./pgm как любое MPI приложение на кластере (СКИФе):
- Отступление о СКИФе: постановка задачи в очередь.
  - Задача ставится в очередь командой mpirun:
```
   mpirun -np N [-q Q] [-maxtime T] [-p P] <программа с аргументами>
```
    N - число процессоров, должно быть не более разрешенного числа процессоров для одной задачи. Q - это очередь, куда будет поставлена задача.
    - Отступление про очередь.
      - Заходим на сайт. Жмем на первую кнопку "показать". Или же на простую версию. Смотрим в какой очереди сколько процессоров свободно. Это знание используем в -np и -q.
    T - это максимальное время работы задачи в минутах.
    - Важно! По истечении предельного времени задача будет удалена.
    P - приоритет задачи в очереди.
    - Задачи с большим приоритетом будут идти на счет раньше задач с меньшим приоритетом. Приоритет обычных задач по умолчанию равен 10.
```
  mpirun -np 4 -maxtime 5 -q hdd ./pgm
```
Дождаться результата. Если будет возвращен код "0", то скорее всего все в порядке. Посмотреть лог (в текущей директории появятся 2 новых файла). Если все хорошо - возвращаемся в директорию NAMD:
- ```
  cd ../../../../../
```
  или
```
  cd ~/mdsoft/NAMD/
```

Скачать и установить (просто распаковать в нужное место) библиотеки TCL и FFTW:

  wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux-x86_64.tar.gz
  tar xzf fftw-linux-x86_64.tar.gz
  mv linux-x86_64 fftw

  wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl-linux-x86_64.tar.gz
  tar xzf tcl-linux-x86_64.tar.gz
  mv linux-x86_64 tcl

Задать директорию и некоторые параметры для ?компиляции?, перейти в созданную директорию:
- ```
  ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch mpi-linux-x86_64
  cd Linux-x86_64-g++
```
Скомпилировать MPI версию ("make" работает медленнее, поэтому "gmake -j4"):
- ```
  gmake -j4
```
Проверить работоспособность:
- ```
  mpirun -np 4 -maxtime 10 -q test ./namd2
```

Пример запуска динамики:

  mpirun -np 50 -maxtime 300 -q regular ./namd2 /home/user/_SKIF_runs/test/1CQE_spdbv_protein_wb_eq.conf

Kodomo

Пользователь

Пошаговая установка NAMD на суперкомпьютер "Чебышев" (СКИФ)