Пошаговая установка NAMD на суперкомпьютер "Ломоносов"

Предполагается, что WinSCP и PuTTY установлены и настроены. Предполагается, что имеется аккаунт на "Ломоносове". Пусть это будет "user". То есть домашняя директория - /home/users/user/.

1. Скачать исходники NAMD с официального сайта http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD к себе на компьютер. Файл: NAMD_2.9_Source.tar.gz.

2. Подключиться к суперкомпьютеру с помощью WinSCP и загрузить исходники NAMD в домашнюю директорию.
3. Подключиться к суперкомпьютеру через PuTTY. (Если в настройках WinSCP прописан путь к PuTTY, то сочетание клавиш Ctrl+P откроет окно PuTTY). Перейти в домашнюю директорию (если вдруг не в ней):

   •   cd ~

4. Перейти в режим установки программ:

   •   ssh compiler

5. Выбрать версию MPI для компиляции Charm и NAMD. В данном случае это OpenMPI:

   •   mpienv -c gnu-4.4 -m openmpi-1.5

6. Если еще не заведена папка для программ, то завести ее и перейти в нее. Пусть это будет "soft":

   •   mkdir -p soft
       cd soft/

7. Переместить исходники NAMD в директорию для программ, распаковать их, переименовать получившуюся папку и перейти в нее:

   •   mv ~/NAMD_2.9_Source.tar.gz ./
       tar xzf NAMD_2.9_Source.tar.gz
       mv NAMD_2.9_Source NAMD
       cd NAMD/

8. Распаковать исходники Charm (входят в состав NAMD) в директорию NAMD и перейти в них:

   •   tar xf charm-6.4.0.tar
       cd charm-6.4.0/

9. Скомпилировать MPI-версию библиотек Charm++/Converse, перейти в тестовую директорию и скомпилировать тестовую программу PGM:

   •   env MPICXX=mpicxx ./build charm++ mpi-linux-x86_64 --no-build-shared --with-production
       cd mpi-linux-x86_64/tests/charm++/megatest
       make pgm

10. Выйти из режима установки, выбрать соответствующую версию MPI; перейти в директорию с только что скомпилированной программой и запустить ее (pgm) как любое MPI приложение на кластере (Ломоносове):
    • Отступление о Ломоносове:

      • постановка задачи в очередь осуществляется командой sbatch, а просто выполнение MPI приложения - командой srun:

           sbatch -k -n N -p P --comment="C" <программа с аргументами>
           srun -k -n N -p P --comment="C" <программа с аргументами>

        N - число процессоров, должно быть не более разрешенного числа процессоров для одной задачи. P - это очередь, куда будет поставлена задача. C - комментарий к задаче.

        exit
        mpienv -m openmpi-1.5
        cd ~/soft/NAMD/charm-6.4.0/mpi-linux-x86_64/tests/charm++/megatest/
        srun -k -n 4 -p test --comment="TEST_run_PGM" ompi ./pgm

11. Дождаться результата. Если 53 теста завершено и ошибок не видно, то скорее всего все в порядке. Посмотреть лог (в текущей директории появятся 2 новых файла). Если все хорошо - снова перейти в режим установки программ и перейти в директорию NAMD

    •   ssh compiler
        cd ~/soft/NAMD/

12. Скачать и установить (просто распаковать в нужное место) библиотеки TCL и FFTW:

    •   wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux-x86_64.tar.gz
        tar xzf fftw-linux-x86_64.tar.gz
        mv linux-x86_64 fftw

        wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
        wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
        tar xzf tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
        tar xzf tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
        mv tcl8.5.9-linux-x86_64 tcl
        mv tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl-threaded

13. Задать директорию и некоторые параметры для ?компиляции?, перейти в созданную директорию:

    •   ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch mpi-linux-x86_64
        cd Linux-x86_64-g++

14. Скомпилировать MPI версию ("make" работает медленнее):

    •   gmake -j4

15. Выйти из режима установки, выбрать соответствующую версию MPI; перейти в директорию с только что скомпилированной программой и проверить работоспособность:

    •   exit
        mpienv -m openmpi-1.5
        cd ~/soft/NAMD/Linux-x86_64-g++/
        sbatch -k -n 16 -p test --comment="TEST_run_NAMD" ompi ./namd2 src/alanin

16. Дождаться результата. В текущей директории должен появиться файл slurm-XXXXXX.out, где XXXXXX - номер задачи.
17. Если в файле с выдачей все нормально, то добавить псевдоним в профайл для легкого вызовы установленной программы и подгрузить обновленный .bashrc:

    •   echo "alias namd=~/soft/NAMD/Linux-x86_64-g++/namd2" >> ~/.bashrc
        echo "export NAMD=~/soft/NAMD/Linux-x86_64-g++/namd2" >> ~/.bashrc
        source ~/.bashrc

18. ВАЖНО!!! Каждый раз перед запуском NAMD нужно проверять какая версия MPI выбрана и выставлять openmpi-1.5, если выбрана какая-либо другая. Пример запуска на 500 CPU в очереди regular4:

    •   mpienv -s
        mpienv -m openmpi-1.5
        sbatch -k -n 500 -p regular4 --comment="FIO:test_run_1" ompi $NAMD File_with_parameters.conf