Пошаговая инструкция по установке Open Babel на суперкомпьютер "Ломоносов"

Предполагается, что WinSCP и PuTTY (scp и ssh) установлены и настроены. Предполагается, что имеется аккаунт на "Ломоносове". Пусть это будет "user". То есть домашняя директория: /home/users/user/.

1. Залогиниться на Ломоносов используя PuTTy или ssh.
2. Перейти в среду установки приложений "Ломоносова":

   •   ssh compiler

3. Определиться с папкой для софта. Пусть это будет ~/soft. Если такой папки нет – ее нужно создать:

   •    1   # Флаг -p нужен чтобы не возникло ошибки, если такая директория уже существует
        2   mkdir -p ~/soft
     

4. Перейти в директорию для софта:

   •   cd ~/soft

5. Скачать исходники компилятора CMake в папку софта на "Ломоносове":

   Если компилятор уже установлен, достаточно перейти сразу к пункту 11

   •   wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.6.tar.gz

6. Распаковать архив и перейти в созданную директорию:

   •   tar xzf cmake-2.8.6.tar.gz
       cd cmake-2.8.6

7. Запустить конфигурацию установки, компилирование и установку приложения. Ключ --prefix можно менять по своему желанию, важно чтобы у вас были права на запись в выбранную директорию.

   •   ./configure --prefix=$HOME/soft/cmake
       gmake 
       gmake install

8. Добавить псевдоним в профайл для легкого вызова установленного компилятора:

   •   echo "alias cmake=~/soft/cmake/bin/cmake" >> ~/.bashrc

9. Подгрузить обновленный .bashrc:

   •   source ~/.bashrc

10. Вернуться в директорию софта:

    •   cd ~/soft

11. Собтвенно установка Open Babel. Скачать искодники Open Babel для Linux в разделе "Download" на официальном сайте: http://openbabel.org/wiki/Get_Open_Babel.

12. Залить скачанный архив в директорию софта на "Ломоносове" (см. п.3) (с помощью программы WinSCP или команды scp).
13. Распаковать архив:

    •   tar xzf openbabel-2.3.0.tar.gz

14. Создать отдельную директорию для компиляции и перейти в нее:

    •   mkdir openbabel-2.3.0-build
        cd openbabel-2.3.0-build

15. Скомпилировать Open Babel используя установленный компилятор CMake и установить:

    •    1   cmake ../openbabel-2.3.0 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/soft/openbabel
         2   # Simple make is possible too.
         3   make -j4
         4   make install
      

16. Добавить псевдоним в профайл для легкого вызовы установленной программы:

    •   echo "alias babel=~/soft/openbabel/bin/babel" >> ~/.bashrc
        echo "alias obabel=~/soft/openbabel/bin/obabel" >> ~/.bashrc

17. Выйти из режима компилятора:

    •   exit

18. Подгрузить обновленный .bashrc:

    •   source ~/.bashrc

19. Установка Open Babel завершена. Теперь он запускается командами:

    •   babel
        obabel