Main/MolDynamicsTutorials/VMD

Пошаговая инструкция по установке VMD на суперкомпьютер "Ломоносов"

Предполагается, что WinSCP и PuTTY (scp и ssh) установлены и настроены. Предполагается, что имеется аккаунт на "Ломоносове". Пусть это будет "user_name". То есть домашняя директория: /home/users/user_name/.

Залогиниться на "Ломоносов" используя программу PuTTy или команду ssh.
Перейти в среду установки приложений "Ломоносова":
- ```
  ssh compiler
```
Определиться с папкой для софта. Пусть это будет ~/soft. Если такой папки нет – ее нужно создать:
- ```
   1   # Флаг -p нужен чтобы не возникло ошибки, если такая директория уже существует
   2   mkdir -p ~/soft
```
Перейти в директорию для софта:
- ```
  cd ~/soft
```
Скачать исходники TCL в папку софта на "Ломоносове":
- ```
  wget http://prdownloads.sourceforge.net/tcl/tcl8.5.10-src.tar.gz
```
Распаковать архив и перейти в директорию unix в созданной папке:
- ```
  tar xzf tcl8.5.10-src.tar.gz
  cd tcl8.5.10/unix
```

Запустить конфигурацию установки, компилирование и установку приложения. Ключ --prefix можно менять по своему желанию, важно чтобы у вас были права на запись в выбранную директорию.

Отступление о флагах конфигурации TCL:

   1   # Note: be sure to use only absolute path names (those starting with "/") in the --prefix and --exec-prefix options.
   2   # --prefix=directory
   3   # This flag specifies the installation directory. The default is /usr/local.
   4   # --exec-prefix=directory
   5   # This flag specifies the installation directory for architecture-specific (i.e., binary) files. The default is to install architecture-specific files into the location specified by --prefix. This is typically set to a subdirectory of the main prefix, (e.g., /usr/local/solaris-sparc) for sites that want to maintain binaries for multiple architectures. If you just have a single system type, then you can ignore this option.
   6   # --enable-threads
   7   # If this switch is set, Tcl will compile itself with multithreading support.
   8   # --enable-shared
   9   # If this switch is specified (the default), Tcl will compile itself as a shared library if it can figure out how to do that on this platform. Add =no will create a static build.
  10

Команды:

  ./configure --prefix=$HOME/soft/tcl --enable-treads
  make 
  make install

Вернуться в директорию софта:
- ```
  cd ~/soft
```
Собтвенно установка VMD (плагинов). Cкачать исходники на сайте http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD. Они скрываются под ссылкой "Source code". Требуется регистрация!
Залить скачанный архив в директорию софта на "Ломоносове" (см. п.4) (с помощью программы WinSCP или команды scp).
Распаковать архив:
- ```
  tar xzf vmd-1.9.src.tar.gz
```
Переместить образовавшуюся директорию с плагинами в папку VMD и перейти в директорию плагинов VMD:
- ```
  mv plugins/ vmd-1.9/plugins/
  cd vmd-1.9/plugins/
```
  Эти плагины нужно скомпилировать до компиляции VMD.

Удалить из сценария установки утилиту NetCDF:

  mv Make-arch Make-arch_orig
  grep -v " -lnetcdf" Make-arch_orig > Make-arch

Прописать глобаольную переменную с путем, куда нужно установить плагины VMD, которая пригодится при конфигурировании самого VMD:
- ```
  export PLUGINDIR=$HOME/soft/vmd/plugins
```
Скомпилировать плагины, используя архитектуру LINUXAMD64 и указав пути к TCL, скомпилированному в п.8; установить плагины VMD в выбранную директорию (PLUGINDIR):
- ```
  make LINUXAMD64 TCLINC=-I$HOME/soft/tcl/include/ TCLLIB=-L$HOME/soft/tcl/lib
  make distrib
```
  Выбран вариант архитектуры LINUXAMD64, хотя "Ломоносов" построен на интеловских процессорах.
Создать ссылку в текущей директории на одну из директорий устанвленных плагинов. Ссылка нужна для преодоления некоторых огрехов конфигурационных файлов VMD.
- ```
  ln -s $PLUGINDIR/LINUXAMD64 .
```
Установка самого VMD. Перейти в его директорию:
- ```
  cd ../
```

Задать глобальные переменные с путями установки VMD:

  export VMDINSTALLLIBRARYDIR=$HOME/soft/vmd
  export VMDINSTALLBINDIR=$HOME/soft/vmd/bin

Запустить генекацию файла конфигурации; перейти в пакпку с Make-файлами и запустить компиляцию и установку:
- ```
  ./configure LINUXAMD64 IMD SILENT TCL PTHREADS
  cd src/
  make veryclean
  make
  make install
```

Добавить псевдонимы в профайл для легкого вызовы установленных программам:

  echo "alias vmd=~/soft/vmd/bin/vmd" >> ~/.bashrc 
  echo "alias catdcd=~/soft/vmd/plugins/LINUXAMD64/bin/catdcd4.0/catdcd" >> ~/.bashrc

Выйти из режима компилятора и подгрузить обновленный .bashrc:
- ```
  exit
  source ~/.bashrc
```
Установка VMD завершена. Теперь он запускается командой:
- ```
  vmd
```
  Также установлена программа catdcd, она запускается командой:
```
  catdcd
```

Kodomo

Пользователь

Пошаговая инструкция по установке VMD на суперкомпьютер "Ломоносов"