Пошаговая инструкция по установке VMD на суперкомпьютер "Чебышев"
Предполагается, что WinSCP и PuTTY (scp и ssh) установлены и настроены. Предполагается, что имеется аккаунт на "Чебышеве". Пусть это будет "user_name". То есть домашняя директория: /home/user_name/.
- Залогиниться на "Чебышев" используя программу PuTTy или команду ssh.
Определиться с папкой для софта. Пусть это будет ~/mdsoft. Если такой папки нет – ее нужно создать:
- Перейти в директорию для софта:
cd ~/mdsoft
Скачать исходники TCL 8.5 (не 8.6) в папку софта на "Чебышеве", распаковать их и перейти в директорию unix в созданной папке:
wget http://prdownloads.sourceforge.net/tcl/tcl8.5.13-src.tar.gz tar xzf tcl8.5.13-src.tar.gz cd tcl8.5.13/unix
- Запустить конфигурацию установки, компилирование и установку приложения. Ключ --prefix можно менять по своему желанию, важно чтобы у вас были права на запись в выбранную директорию.
- Отступление о флагах конфигурации TCL: Команды:
1 # Note: be sure to use only absolute path names (those starting with "/") in the --prefix and --exec-prefix options. 2 # --prefix=directory 3 # This flag specifies the installation directory. The default is /usr/local. 4 # --exec-prefix=directory 5 # This flag specifies the installation directory for architecture-specific (i.e., binary) files. The default is to install architecture-specific files into the location specified by --prefix. This is typically set to a subdirectory of the main prefix, (e.g., /usr/local/solaris-sparc) for sites that want to maintain binaries for multiple architectures. If you just have a single system type, then you can ignore this option. 6 # --enable-threads 7 # If this switch is set, Tcl will compile itself with multithreading support. 8 # --enable-shared 9 # If this switch is specified (the default), Tcl will compile itself as a shared library if it can figure out how to do that on this platform. Add =no will create a static build. 10
./configure --prefix=$HOME/mdsoft/tcl --enable-treads make -j 8 make install
- Отступление о флагах конфигурации TCL:
- Вернуться в директорию для софта:
cd ~/mdsoft
Скачать исходники netCDF в папку софта на "Чебышеве", распаковать их и перейти в созданную директорию:
wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf.tar.gz tar xzf netcdf.tar.gz cd netcdf-4.2.1.1/
- Запустить конфигурацию установки, компилирование и установку приложения.
./configure --prefix=$HOME/mdsoft/netcdf --disable-netcdf-4 --disable-dap make check install
- Вернуться в директорию софта:
cd ~/mdsoft
Собтвенно установка VMD (плагинов). Cкачать исходники на сайте http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD. Они скрываются под ссылкой "Source code". Требуется регистрация!
- Залить скачанный архив в директорию софта на "Чебышеве" (см. п.2) (с помощью программы WinSCP или команды scp).
- Распаковать архив:
tar xzf vmd-1.9.1.src.tar.gz
- Переместить образовавшуюся директорию с плагинами в папку VMD и перейти в директорию плагинов VMD:
mv plugins/ vmd-1.9.1/plugins/ cd vmd-1.9.1/plugins/
Эти плагины нужно скомпилировать до компиляции VMD.
- Прописать глобальную переменную с путем, куда нужно установить плагины VMD, которая пригодится при конфигурировании самого VMD:
export PLUGINDIR=$HOME/soft/vmd/plugins
- Скомпилировать плагины, используя архитектуру LINUXAMD64 и указав пути к TCL и netCDF, скомпилированных в п.5 и п.9; установить плагины VMD в выбранную директорию (PLUGINDIR):
make -j 8 LINUXAMD64 TCLINC=-I$HOME/mdsoft/tcl/include/ TCLLIB=-L$HOME/soft/tcl/lib NETCDFINC=-I$HOME/mdsoft/netcdf/include NETCDFLIB=-L$HOME/mdsoft/netcdf/lib make distrib
Выбран вариант архитектуры LINUXAMD64, хотя "Чебышев" построен на интеловских процессорах.
- Создать ссылку в текущей директории на одну из директорий установленных плагинов. Ссылка нужна для преодоления некоторых огрехов конфигурационных файлов VMD. Вернуться в директорию VMD.
ln -s $PLUGINDIR/LINUXAMD64 . cd ../
- Установка самого VMD. Задать глобальные переменные с путями установки VMD:
export VMDINSTALLLIBRARYDIR=$HOME/mdsoft/vmd export VMDINSTALLBINDIR=$HOME/mdsoft/vmd/bin
- Перейти в поддиректорию с библиотеками и создать ссылки на библиотеки netCDF. Вернуться в директорию VMD:
cd lib/ ln -s ~/mdsoft/netcdf netcdf cd netcdf ln -s lib/ lib_LINUXAMD64 cd ../../
- Запустить генерацию файла конфигурации; перейти в папку с Make-файлами и запустить компиляцию и установку:
export TCL_LIBRARY_DIR=$HOME/mdsoft/tcl/lib export TCL_INCLUDE_DIR=$HOME/mdsoft/tcl/include ./configure LINUXAMD64 IMD SILENT TCL PTHREADS NETCDF cd src/ make clean make -j 8 make install
- Добавить псевдонимы в профайл для легкого вызовы установленных программам:
echo "export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/mdsoft/netcdf/lib" >> ~/.bashrc echo "alias vmd=~/mdsoft/vmd/bin/vmd" >> ~/.bashrc echo "alias catdcd=~/mdsoft/vmd/plugins/LINUXAMD64/bin/catdcd4.0/catdcd" >> ~/.bashrc
- Подгрузить обновленный .bashrc:
source ~/.bashrc
- Установка VMD завершена. Теперь он запускается командой:
vmd
Также установлена программа catdcd, она запускается командой:
catdcd