pwd

сообщает полное имя текущей директории

cd  <имя поддиректории>

переход в поддиректорию

cd   /

переход в корневую директорию файловой системы

cd   ~

переход в корневую директорию пользователя; в компьютерном классе - пользователь class

cd   ..

переход на уровень выше - в родительскую директорию

cd   ~/../ok

переход в директорию ok, которая имеется в родительской директории по отношению к пользователю class

ls  

показывает содержимое текущей директории

ls   /local/

показывает содержимое директории local

ls   -l <директория>

более подробная информация о файлах и деректориях; показывает права, дату создания, размер

mkdir   <имя поддиректории>

создает поддиректорию

rmdir   <имя директории>

удаляет директорию;директория должна быть пустой

cp  <имя файла 1>  <имя файла 2>

копирует файл 1 в файл 2

cp  <имя файла 1>  <имя файла 2>  <имя директории>

копирует перечисленные файлы - их может быть много - в директорию; признаком директории должен быть символ / в конце!

cp  /P/NGSphylo2014/TruSeq3-PE.ed  /local/Project_Intoshia/

копирует указанный файл в указанную директорию; признаком директории является / в конце!

cp  /P/NGSphylo2014/Intoshia.reads/*  /local/Project_Intoshia/Illumina_reads/

копирует все файлы - т.к. * - в указанную директорию

cp  -R  /P/NGSphylo2014/Intoshia.reads/  /local/Project_Intoshia/Illumina_reads/

тот же результат; опция -R обязательна при копировании дирктории; в этом варианте копируются также все поддиректории и их содержимое

mv  <имя файла 1>  <имя файла 2>

переименовывает файл

mv  <имя файла>  <имя поддиректории>

перемещает файл в поддиректорию

rm  <имя файла>

уничтожает файл

echo   >   <имя файла>

создает пустой файл

cat  <имя файла>  <имя файла>

выдает в поток stdout - на монитор - по очереди содержимое перечисленных файлов - их может быть много

cat   <имя файла 1>  <имя файла 2>  >  <имя нового файла>

объединяет содержимое перечисленных файлов в один новый файл

cat   >  <имя нового файла>

в новый файл записывается поток stdin, т.е. то, что вы наберете на клавиатуре; окончание ввода - CTRL+D; редактировать вводимый текст невозможно; лучше используйте другие способы создания текстового файла

echo  'First line'  >   <имя нового файла>

записывает текст в файл

echo  'Second line'  >>   <имя файла>

дописывает строчку в конец файла; лучше все же использовать текстовые редакторы

less   <имя файла>

просмотр содержимого текстового файла

Редактирование текста

если вы не владеете текстовым редактором, вызываемым из командной строки, то в компьютерном классе под linux рекомендую использовать оконный редактор gedit; ААл

grep  <что искать>  <имя файла>

выдает все строки файла, в которых встретилось <что искать>

grep   'ID'   <имя файла>

выдает все строки a, в которых встретилось сочетание букв ID

grep   '^ID'   <имя файла>

выдает все строки, в которых в начале строки встретилось ID - на начало строки указывает знак ^

wc  <имя файла>

выдает три числа: число строк, число слов и число символов в файле

date  

на случай, если вы забыли какое сегодня число

history  20

выдает список из 20-и последних выполненных вами команд

man <имя команды>

выдает полную информацию о команде и ее опциях

Подсказки

Лучший вариант - найти интернет страницу на русском об этой команде; см. ссылки выше

echo  'my text'  | wc 

выходной поток echo подается на вход wc; результат будет 1 2 7