Стандартная библиотека питона

• два слова про версии питона
• import vs from; import as
• math: hypot, atan2; degrees, radians
• pickle, shelve:
  • pickle.load, pickle.dump; shelve.open(name)

• ConfigParser:

  • c = [Safe|Raw]ConfigParser(defaults)

  • c.read(names), c.readfp(open(...)), c.write(names)
  • c.getint, c.getfloat, c.getboolean, c.get
• % и словари
• logging:
  1. logging.basicConfig(filename=..., level=...); logging.debug, logging.info, logging.warning, logging.error, logging.critical
  2. logging.basicConfig; logger = logging.getLogger("name"); logger.*
• ?: re
  • re.compile, re.search, re.match, re.split, re.escape, re.sub;
  • m.group, m.groups
• всячина про файлы:
  • os.path: join, split; exists, isdir, isfile, islink...; expanduser, expandvars, normpath
  • os: system, popen; subprocess

• ?: всячина про файлы:
  • os: listdir, chmod, chdir
  • shutil: copy, move
  • glob
  • ?: tempfile: mkstemp, mkdtemp
  • ?: fileinput: fileinput.input(), fileinput.lineno()
• ?: random: randint, rand, choice, shuffle ...
• ?: str vs repr (vs unicode); pprint
• ?: copy: copy, deepcopy
• ?: StringIO
• ?: collections.deque, collections.defaultdict

Контрольная работа

1. Напишите функцию reverse_complement, которая получает на вход последовательность ДНК в виде строки и возвращает комплиментарную последовательность. Входная последовательность может содержать пробелы и переносы строк – они должны игнорироваться. Входная последовательность может состоять как из заглавных, так и из прописных букв. Регистр букв в выходной последовательности игнорируется. Если входная последовательность содержит недопустимые символы, функция должна выбрасывать исключение с пояснением. Пример использования функции:

      1  >>> reverse_complement("CCCCCgatA")
      2  'tatcggggg'
      3  >>> reverse_complement("CCCCCgatA-GD")
      4  Traceback ...:
      5  ...
      6  Exception: Wrong letter '-' in sequence