Работа с биологическими данными: Деревья; Структуры

План

Работа со структурами

Библиотека biophython(Bio.PDB)

• Разборщик PDB-файлов (PDBParser) + аннотация файла (header и trailer)
• Хранение информации о макромолекуле (Архитектура):
  • structure
  • model
  • chain
  • residue
  • atom
• Получение характеристик обьекта
• Изменение структуры

Работа с деревьями

Библиотека biophython(Bio.Phylo)

• I/O функции:
  • parse()
  • read()
  • write()
  • convert()
• Визуализация деревьев:
  • Phylo.draw_ascii()
  • Phylo.draw_graphviz()

Библиотека dendropy

• Организация данных:
  • Data Set
    • Character Matrix
    • Tree List
      • Tree
    • Taxon Set
      • Taxon
• I функции
• Спецификация форматов
• O функции
• Описание и Визуализация деревьев:
  • description()
  • as_ascii_plot()

Заметки

Архитектура SMCRA (Structure/Model/Chain/Residue/Atom)

Structure['1g59']
  |
  +---- Model[0]
          |
          +---- Chain['A']
          |       |
          |       +---- Residue[' ', 1, ' ']
          |       |       |
          |       |       +---- Atom['N']
          |       |       |
          |       |       +---- [...]
          |       |       |
          |       |       +---- Atom['CE']
          |       |
          |       +---- [...]
          |       |
          |       +---- Residue[' ', 468, ' '] [...]
          |
          +---- Chain['B'] [...]
          |
          +---- Chain['C'] [...]
          |
          +---- Chain['D'] [...]
          |
          +---- Chain[' ']
                  |
                  +---- Residue['W', 1, ' ']
                  |       |
                  |       +---- Atom['O']
                  |
                  +---- [...]
                  |
                  +---- Residue['W', 283, ' '] [...]

Ссылки

• Bio python wiki

Деревья

• DendroPy

• Bio python cookbook, chapter 12, Phylogenetics

Структуры

• Bio python cookbook, chapter 10, Structures

• Protein Contact Maps using Biopython

• Protein Superposition using Biopython

• python-openbabel

• Scientific Python (пакет python-scientific в debian)

Контрольная работа

1. Дан файл в fasta-формате. Напишите регулярное выражение, которое выделяет в группу sequence тело последовательности с именем cyb5_mouse

2. Поставьте галочки напротив множеств, которые можно задать ортодоксальными регулярными выражениями и перловскими регекспами. Напишите соответствующие выражения:

   • Множество	р.в.?	pcre?	выражение
     ab, abab, ababab, ...
     c, abc, aabbc, aaabbbc, ...
     b, aba, aabaa, aaabaaa, ...
     (, (), ((), ())), ...
     (), (()), (()()), ()()