Занятие 4.

Краткое содержание: Объекты. Классы.

План рассказа

1. Про задание:

   • ЧАВО про darcs: darcs changes; darcs show contents -p "patch name"; darcs help --match

   • См. почту.
2. Объекты и классы.
   • Что такое объект? Откуда возникло понятие. Физический смысл. Структура + методы. Картинки.
   • Терминология: поля, методы.
   • Что такое класс? Нужны ли классы?
   • Что такое наследование?
   • Синтаксис класса в питоне:
     • простейший пример
     • self
     • использование класса

   • init

   • Пример с наследованием
   • Самодокументация

Обязательно научиться

• Создавать свои классы

Задачи

Не забывайте писать самодокументацию и doctest и вносить версии в репозиторий.

Следующие задачи нужно делать в файле bend2.py:

1. Напишите класс Atom:

   • объект создаётся из строки (приблизительно 80 символов) PDB-файла. (См. Предыдущее занятие на тему формата).

   • объект хранит координаты в виде чисел и в виде объекта Vector
2. Напишите класс Residue:
   • объект хранит в себе список атомов
   • метод add(atom) добавляет атом в список
   • метод is_next(residue) возвращает True, если в текущем основании есть атом C, и в residue есть атом N такие, что расстояние между ними меньше 1.4 ангстрема
   • метод is_neighbour(residue) возвращает True, если is_next верно либо для текущего основания и residue, либо в обратном порядке
3. Напишите класс PDB:
   • хранит список атомов и список оснований
   • объект создаётся из PDB-файла
   • метод residue(n), если основания с номером n ещё нет, создаёт новое пустое основание; возвращает основание с номером n
4. Измените класс Atom таким образом, чтобы при инициализации ему передавалась строка и объект PDB. При создании атом добавляет себя в соответствующее основание. Добавьте атому поле residue