Вариант 1

Это черновая версия Т.З. следите за обновлениями

Реализовать библиотеку для работы с выравниваниями и (текстовый) интерфейс к ней.

Библиотека должна предоставлять классы:

• Выравнивание. Предоставляет возможности:
  • Чтение из файлов в формате FASTA
  • Чтение структуры родственности последовательностей
  • Построение выделения по всем позициям, по которым совпадают:
    • a) все последовательности (абсолютные консервативные позиции)
    • б) не менее n последовательностей (процентные консервативные позиции)
    • в) совпадение учитывается в смысле попадания в класс эквивалентности (функциональные консервативные позиции)
  • Построение выделения по всем позициям, в которых есть хотя бы n прочерков (зазоры)
• Выделение (набор позиций и строк в выравнивании). Предоставляет возможности:
  • Создание из: выравнивания и списков позиций и последовательностей в нём
  • Упорядоченное отображение в формате FASTA:
    • выделенные последовательности идут первыми
    • каждый блок соседних позиций окружён прочерками по всем строкам (не только выделенным)
  • Неупорядоченное отображение в формате FASTA:
    • к последовательностям добавляется ещё одна строка, содержащая в себе "+" в тех позициях, где выделение присутствует и прочерк в остальных
  • Отображение в HTML:
    • выделение обозначено цветом
    • строки разбиты по заданной параметром ширине

Интерфейс должен предоставлять:

• доступ к каждой из функций через параметры командной строки
• чтение файла классов эквивалентности