Программирование в PyMol

План рассказа

• run vs @
• cmd (pymol.cmd)
• iterate, alter, iterate_state, alter_state
  • локальное пространство имён: что есть, куда девается
  • stored (pymol.stored)
  • rebuild
• get_model([selection], [state])
  • atom, get_coord_list(), nAtom, add_atom(a), insert_atom(in, a), delete_atom(index)
  • bond, nBond, add_bond(b), remove_bond(index)
  • _: molecule, index
  • get_mass(), get_implicit_mass()
• chempy
  • cpv
  • neighbor
• index vs id
• get_: distance, angle, dihedral

Ссылки

• Материалы прошлогоднего занятия по теме (конспект, ссылки, примеры)

• The PyMol wiki

• Учебники:

  • PyMol scripting in python

  • Creating PyMol plugins in python

  • Для маньяков: Creating PyMol plugins in C/C++/Fortran

• Справочники:

  • List of PyMol commands

  • Selection algebra

  • Property selectors

Контрольная работа

0. Имя:
1. Напишите программу, которая ищет фиксированную подстроку в данной [строке] и возвращает координату [первого] найденного вхождения, используя все имеющиеся в компьютере процессоры.