Основные особенности (что хотелось бы, и чего нет у других редакторов)
2011, Андрей
Понятия
- Группа последовательностей. Группы могут пересекаться. Группа main всегда существует и содержит все последовательности.
- Группа имеет ID, описание, сортировку, разметку, раскраску
- Блок - интервал позиций. Блок может быть привязан к одной или нескольким группам. Блок main.
- Сайт - как блок, только набор позиций.
- Список блоков и/или сайтов. Привязывается к группе или группам.
Группы, блоки и сайты могут задаваться как вручную, так и импортироваться или рассчитываться внешними программами.
Визуализация последовательностей. Для нее определены группа active и список блоков active, которые задаются пользователем как комбинации существующих объектов.
Показываются в окне последовательности из группы activ с набором блоков active. Если в последовательности есть буквы между последовательными блоками, то они схлопываются в один специальный символ. По желанию, визуализируются раскраска колонок, разметка колонок группы, разметка последовательностей группы, существующие разметки последовательностей из группы.
2010, Саша
Удобный способ перемещать блоки выравнивания друг относительно друга. Т.е. хочется, чтобы можно было выделить участок последовательности (или прямоугольный блок в выравнивании, а если не только прямоугольный, то это вообще супер) и передвинуть его. Это хорошо сделано в Jalview и (говорят) в BioEdit, но очень плохо в GeneDoc.
Удобный способ красить произвольным цветом произвольные остатки в выравнивании (и сохранять раскраску), а также вручную изменять остатки (типа как в текстовом редакторе). Это хорошо сделано в GeneDoc, но ужасно сделано в Jalview. В принципе, еще неплохо бы иметь возможность раскрашивать заданные паттерны.
- Возможность выделить блок выравнивания, автоматически скормить его muscle'у (или еще чему) и результат вставить на исходное место, добавив гэпов при необходимости. При более тщательном обдумывании приходит мысль о том, чтобы можно было предусмотреть механизм более или менее простого добавления возможности взаимодействия со сторонними программами (чтобы можно было добавить интерфейс не только к масклу, но и к t-coffee и чему еще захочется).
Возможность работы с аннотациями последовательностей. Это примерно так: есть таблица, в которой для каждой (или не каждой) последовательности указана некоторая дополнительная информация, например, организм или функция, или любая другая фигня (очень часто бывает). Программа должна уметь прочитать эту таблицу и после этого выполнять какие-то операции с последовательностями, которые отвечают заданным условиям. Например, мы хотим что-то сделать с последовательностями, относящимися только к таксону А и имеющими параметр "другая фигня" равный Б. Действия могут быть типа: покрасить, выделить в группу, спрятать на время и т.п. Такая штука хорошо сделана в TreeDyn, хотя это редактор не выравниваний, а деревьев.
- Очень было бы здорово, если бы программа понимала (пока не знаю в каком формате ей это давать) аннотацию другого типа, а именно разметку непосредственно каждого остатка в последовательности по вторичной структуре, принадлежности к активному центру или любой другой другой фигне (опять же, часто бывает нужно).
- Возможность добавления дополнительной функциональности в виде плагинов или еще в какой форме. В принципе, сюда же можно отнести часть пункта 3. Или весь пункт 3 реализовать как плагин. Это нужно обязательно, потому что сразу так не знаешь, какой функционал еще может понадобиться.
- Есть мнение, что нужно добавить возможность работы с выравниваниями последовательностей РНК, содержащими информацию о вторичной структуре в чем-то типа dot-bracket notation.
- Естественно, всякие стандартные функции редакторов выравниваний должны быть (раскраска по консервативности и проч., надо еще посмотреть, что именно).
Не уверен, что правда нужно, но может еще как-то предусмотреть возможность исполнения скриптов типа как в PyMol(как я понимаю, можно будет просто предусмотреть возможность выполнять непосредственно питонский код вместо скрипта, хотя это почти тоже самое, как и плагины, получается... надо еще подумать).
- Еще бы табы...)) А то очень не удобно, когда смотришь несколько выравниваний, лезть в меню windows и выбирать там нужный файл.
- Было бы прикольно: возможность подгрузить (или построить) дерево, отобразить его в отдельном виджете с возможностью схлопывать ветки. При схлопывании веток они исчезают из выравнивания, и на их месте появляется последовательность с их (схлопнутых веток) консенсусом.